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- PDB-1ybm: X-ray structure of selenomethionyl gene product from Arabidopsis ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ybm | ||||||
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Title | X-ray structure of selenomethionyl gene product from Arabidopsis thaliana at5g02240 in space group P21212 | ||||||
![]() | unknown protein At5g02240 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / CESG / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / NADP | ||||||
Function / homology | ![]() response to abscisic acid / plant-type vacuole / apoplast / chloroplast stroma / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray structure of selenomethionyl gene product from Arabidopsis thaliana at5g02240 in space group P21212 Authors: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 115.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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Components
#1: Protein | Mass: 27092.766 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 49.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 10 MG/ML PROTEIN, 24 PERCENT PEG 4K, 0.136 M SODIUM MALONATE, 0.10 M BISTRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2004 / Details: bent cylindrical Si-mirror (Rh coating) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond (111) double-crystal monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.096→29.087 Å / Num. obs: 29937 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 22.745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.05 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.46 / Reflection: 32618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.64 / Reflection: 32619 / Reflection acentric: 29470 / Reflection centric: 3149 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.303 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.096→29.09 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1734 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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