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- PDB-1y7n: Solution structure of the second PDZ domain of the human neuronal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y7n
タイトルSolution structure of the second PDZ domain of the human neuronal adaptor X11alpha
要素Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / copper chaperone for superoxide dismutase / neuronal adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / glutamate secretion / axo-dendritic transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / presynaptic active zone membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / intracellular protein transport ...gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / glutamate secretion / axo-dendritic transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / presynaptic active zone membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / synaptic vesicle / nervous system development / amyloid-beta binding / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / chemical synaptic transmission / in utero embryonic development / dendritic spine / cell adhesion / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics simulation, torsion angle dynamics, distance, dihedral angle restraints
データ登録者Duquesne, A.E. / de Ruijter, M. / Brouwer, J. / Drijfhout, J.W. / Nabuurs, S.B. / Spronk, C.A.E.M. / Vuister, G.W. / Ubbink, M. / Canters, G.W.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: Solution structure of the second PDZ domain of the neuronal adaptor X11alpha and its interaction with the C-terminal peptide of the human copper chaperone for superoxide dismutase
著者: Duquesne, A.E. / de Ruijter, M. / Brouwer, J. / Drijfhout, J.W. / Nabuurs, S.B. / Spronk, C.A.E.M. / Vuister, G.W. / Ubbink, M. / Canters, G.W.
履歴
登録2004年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9341
ポリマ－9,9341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family A member 1 / Neuron-specific X11 protein / Neuronal Munc18-1-interacting protein 1 / Mint-1 / Adapter protein X11alpha


分子量: 9933.563 Da / 分子数: 1 / 断片: second PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: APBA1 / プラスミド: pET3H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) *RP / 参照: UniProt: Q02410

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.2mM PDZ2a U-15N,13C; 10mM sodium phosphate buffer; pH 6.7; 95% H2O; 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 10mM / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 290 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2002 releaseF. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
CARA1.1.8R.L.J. Kellerデータ解析
CYANA1P. Guntert構造決定
X-PLOR2.9.6精密化
VNMRcollection
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics simulation, torsion angle dynamics, distance, dihedral angle restraints
ソフトェア番号: 1
詳細: The final structure calculations with CYANA were started from 100 conformers with random torsion angle values. Simulated annealing with 10,000 time steps per conformer was done using the ...詳細: The final structure calculations with CYANA were started from 100 conformers with random torsion angle values. Simulated annealing with 10,000 time steps per conformer was done using the DYANA torsion angle dynamics algorithm. Using the FormatConverter, developed as part of the Collaborative Computing Project for the NMR Community (CCPN), the distance and dihedral angle restraints were converted to the X-PLOR restraint format. Subsequently the 100 generated structures were refined using a sh rt restrained molecular dynamics simulation in explicit solvent in the program XPLOR-NIH. Of these, the 20 lowest energy structures were selected to form the final ensemble.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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