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- PDB-1y76: Solution Structure of Patj/Pals1 L27 Domain Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y76
タイトルSolution Structure of Patj/Pals1 L27 Domain Complex
要素
  • MAGUK p55 subfamily member 5
  • protein associated to tight junctions
キーワードTRANSPORT PROTEIN / L27 domain / scaffold protein / protein assembly / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / subapical complex / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / subapical complex / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / tight junction assembly / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / myelin sheath adaxonal region / lateral loop / Schmidt-Lanterman incisure / apicolateral plasma membrane / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / apical junction complex / generation of neurons / dendrite development / central nervous system neuron development / bicellular tight junction / endomembrane system / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / myelination / protein localization to plasma membrane / adherens junction / intracellular protein transport / cerebral cortex development / apical part of cell / gene expression / cytoplasmic vesicle / perikaryon / postsynaptic density / cell adhesion / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27 domain / L27-N / Multiple PDZ domain protein / MPP5, SH3 domain / L27_N / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / L27 domain, C-terminal / L27 domain ...L27 domain / L27-N / Multiple PDZ domain protein / MPP5, SH3 domain / L27_N / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple PDZ domain protein / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Long, J.-F. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: A unified assembly mode revealed by the structures of tetrameric L27 domain complexes formed by mLin-2/mLin-7 and Patj/Pals1 scaffold proteins.
著者: Feng, W. / Long, J.F. / Zhang, M.
履歴
登録2004年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein associated to tight junctions
B: MAGUK p55 subfamily member 5
C: protein associated to tight junctions
D: MAGUK p55 subfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8404
ポリマ－27,8404
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #10minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 protein associated to tight junctions / Patj


分子量: 7068.132 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O55164
#2: タンパク質 MAGUK p55 subfamily member 5 / Pals1


分子量: 6851.812 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N3R9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
133HNCO, HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1443D 13C-separated NOESY
15513C-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM unlabelled L27P/L27NP complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
21.5mM uniformly 15N labelled L27P/L27NP complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
31.5mM uniformly 15N/13C labelled L27P/L27NP complex in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
41.5mM uniformly 15N/13C labelled L27P/L27NP complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
51.5mM 10% 13C labelled L27P/L27NP complex in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 318 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CNS1.1構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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