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- PDB-1y74: Solution Structure of mLin-2/mLin-7 L27 Domain Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y74
タイトルSolution Structure of mLin-2/mLin-7 L27 Domain Complex
要素
  • Peripheral plasma membrane protein CASK
  • lin 7 homolog b
キーワードTRANSPORT PROTEIN / L27 domain / scaffold protein / protein assembly / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Neurexins and neuroligins / negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / neurexin family protein binding / negative regulation of wound healing / nuclear lamina / neurotransmitter secretion / calcium ion import / transport vesicle membrane ...RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Neurexins and neuroligins / negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / neurexin family protein binding / negative regulation of wound healing / nuclear lamina / neurotransmitter secretion / calcium ion import / transport vesicle membrane / positive regulation of calcium ion import / regulation of synaptic vesicle exocytosis / exocytosis / basement membrane / negative regulation of cell-matrix adhesion / bicellular tight junction / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of localization in cell / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / protein transport / presynapse / basolateral plasma membrane / vesicle / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein lin-7 / L27 domain / : / CASK, SH3 domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. ...Protein lin-7 / L27 domain / : / CASK, SH3 domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peripheral plasma membrane protein CASK / Protein lin-7 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Long, J.-F. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: A unified assembly mode revealed by the structures of tetrameric L27 domain complexes formed by mLin-2/mLin-7 and Patj/Pals1 scaffold proteins.
著者: Feng, W. / Long, J.F. / Zhang, M.
履歴
登録2004年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lin 7 homolog b
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: lin 7 homolog b
D: Peripheral plasma membrane protein CASK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8824
ポリマ－24,8824
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 lin 7 homolog b / mLin-7/Velis/Mals


分子量: 6652.594 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88951
#2: タンパク質・ペプチド Peripheral plasma membrane protein CASK / mLin-2/CASK


分子量: 5788.521 Da / 分子数: 2 / 断片: L27C domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O70589, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
133HNCO, HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1443D 13C-separated NOESY
15513C-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM unlabelled L27M/L27C complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
21.5mM uniformly 15N labelled L27M/L27C complex in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
31.5mM uniformly 15N/13C labelled L27M/L27C complex in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
41.5mM uniformly 15N/13C labelled L27M/L27C complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
51.5mM 10% 13C labelled L27M/L27C complex in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CNS1.1構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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