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- PDB-1y6f: alpha-glucosyltransferase in complex with UDP-glucose and DNA con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y6f
タイトルalpha-glucosyltransferase in complex with UDP-glucose and DNA containing an abasic site
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
  • DNA alpha-glucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / Transferase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA alpha-glucosyltransferase / DNA alpha-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host CRISPR-cas system / symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / virus-mediated perturbation of host defense response
類似検索 - 分子機能
DNA alpha-glucosyltransferase / DNA alpha-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / DNA / DNA (> 10) / DNA alpha-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lariviere, L. / Sommer, N. / Morera, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural evidence of a passive base-flipping mechanism for AGT, an unusual GT-B glycosyltransferase.
著者: Lariviere, L. / Sommer, N. / Morera, S.
履歴
登録2004年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
A: DNA alpha-glucosyltransferase
B: DNA alpha-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,46612
ポリマ－101,9154
非ポリマー1,5518
水4,035224
1
C: 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
A: DNA alpha-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7896
ポリマ－50,9322
非ポリマー8574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
B: DNA alpha-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6776
ポリマ－50,9832
非ポリマー6944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.363, 123.964, 86.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*(3DR)P*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 3890.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'


分子量: 3941.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA alpha-glucosyltransferase / AGT


分子量: 47041.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: proExHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1blue / 参照: UniProt: P04519, DNA alpha-glucosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 232分子

#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2H2O11
3PEG 400012
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日
放射モノクロメーター: 0.97 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 38189 / Num. obs: 37879 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: a model at 2.7 A from a SAD experiment (selenomethionines)

解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.274 1888 random
Rwork0.197 --
all-37879 -
obs-37879 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6469 519 99 224 7311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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