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万見
- PDB-1y5h: Crystal structure of truncated Se-Met Hypoxic Response Protein I ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y5h
タイトルCrystal structure of truncated Se-Met Hypoxic Response Protein I (HRPI)
要素hypothetical protein RV2626C
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CBS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host immune response / response to host immune response / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypoxic response protein 1 / Hypoxic response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sharpe, M.L. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The structure and unusual protein chemistry of hypoxic response protein 1, a latency antigen and highly expressed member of the DosR regulon in Mycobacterium tuberculosis
著者: Sharpe, M.L. / Gao, C. / Kendall, S.L. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
履歴
登録2004年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein RV2626C
B: hypothetical protein RV2626C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5732
ポリマ－29,5732
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.452, 41.064, 78.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein RV2626C / hypoxic response protein I


分子量: 14786.712 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2626c / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: O06186, UniProt: P9WJA3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % / 解説: the file contains Friedel pairs
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: ammonium sulphate, boric acid/KOH, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793, 0.9796, 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月3日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97961
30.95371
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 73443 / Num. obs: 66279 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Limit h max: 51 / Limit h min: 0 / Limit k max: 27 / Limit k min: 0 / Limit l max: 49 / Limit l min: -52 / Observed criterion F max: 118610.22 / Observed criterion F min: 0.6 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 20.97
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 2395 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 63.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→38.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: the file contains Friedel pairs
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 6466 9.8 %random
Rwork0.222 ---
all-73456 --
obs-66279 90.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 53.4993 Å2 / ksol: 0.385557 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 56.94 Å2 / Biso mean: 26.8 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.93 Å20 Å22.89 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----4.52 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.23 Å
Luzzati d res high-1.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1760 0 0 136 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.212.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5-1.570.3285129.60.32948240.0159263533657.6
1.57-1.650.28772210.30.28162780.0119113700076.8
1.65-1.750.27774390.26374970.019276824088.8
1.75-1.890.2598949.90.24481660.0099147906099
1.89-2.080.2549139.90.22382900.0089217920399.8
2.08-2.380.2298659.50.21582620.0089146912799.8
2.38-30.25197010.60.22481750.0089171914599.7
3-38.060.2048479.20.20883210.0079214916899.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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