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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y5e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein B | ||||||
![]() | Molybdenum cofactor biosynthesis protein B | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / Molybdenum cofactor biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein B 著者: Chang, C. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18750.936 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #3: 化合物 | ChemComp-IMD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: MPD, imidazole, MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 99009 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 1.744 / Num. unique all: 5095 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6318 Å2 / ksol: 0.337812 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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