[日本語] English
万見
- PDB-1y4e: NMR structure of transmembrane segment IV of the NHE1 isoform of ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y4e
タイトルNMR structure of transmembrane segment IV of the NHE1 isoform of the Na+/H+ exchanger
要素Sodium/hydrogen exchanger 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NHE1 isoform / transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:proton antiporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cation-transporting ATPase complex / Sodium/Proton exchangers / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / Hyaluronan uptake and degradation / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cellular response to electrical stimulus / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity ...sodium:proton antiporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cation-transporting ATPase complex / Sodium/Proton exchangers / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / Hyaluronan uptake and degradation / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cellular response to electrical stimulus / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / positive regulation of action potential / maintenance of cell polarity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of pH / sodium ion export across plasma membrane / cellular response to acidic pH / cardiac muscle cell differentiation / ion binding / sodium ion import across plasma membrane / protein phosphatase 2B binding / intracellular sodium ion homeostasis / cardiac muscle cell contraction / response to acidic pH / regulation of stress fiber assembly / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / cellular response to cold / cellular response to antibiotic / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of the force of heart contraction / cellular response to organic cyclic compound / intercalated disc / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / T-tubule / cellular response to epinephrine stimulus / response to muscle stretch / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / stem cell differentiation / regulation of intracellular pH / phospholipid binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to insulin stimulus / calcium-dependent protein binding / cell migration / lamellipodium / protein complex oligomerization / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / apical plasma membrane / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sodium/hydrogen exchanger 1-like / Sodium/hydrogen exchanger, regulatory region / Regulatory region of Na+/H+ exchanger NHE binds to calmodulin / Na+/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/hydrogen exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Slepkov, E.R. / Rainey, J.K. / Li, X. / Liu, Y. / Lindhout, D.A. / Sykes, B.D. / Fliegel, L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and functional characterization of transmembrane segment IV of the NHE1 isoform of the Na+/H+ exchanger.
著者: Slepkov, E.R. / Rainey, J.K. / Li, X. / Liu, Y. / Cheng, F.J. / Lindhout, D.A. / Sykes, B.D. / Fliegel, L.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: High-yield expression of isotopically labeled peptides for use in NMR studies
著者: Lindhout, D.A. / Thiessen, A. / Schieve, D. / Sykes, B.D.
履歴
登録2004年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sodium/hydrogen exchanger 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1401
ポリマ－3,1401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)100 / 1000structures with the lowest energy
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Sodium/hydrogen exchanger 1 / Na+ / /H+ / exchanger 1 / NHE-1 / Na+/H+ antiporter / amiloride-sensitive / APNH


分子量: 3139.748 Da / 分子数: 1 / 断片: Transmembrane segment IV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A1, APNH1, NHE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (pLysS) / 参照: UniProt: P19634

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
142HNHA
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques with the exception that HNHA J-coupling constants were incorporated.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM TM IV, unlabelled; 1 mM DSS, CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v)CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v)
22 mM TM IV, U-15N; 1 mM DSS, CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v)CDCl3:CD3OH:H2O (4:4:1 v:v:v)
試料状態圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian UNITYVarianUNITY6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRvariousVarian Inc.collection
NMRPipe2.3Frank Delaglio, Stephan Grzesiek, Guang Zhu, Geerten W. Vuister, John Pfeifer, and Ad Bax解析
Sparky3.109 and 3.110T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren構造決定
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 15 rounds of simulated annealing were carried out to optimize included NOE contacts and lengths, as well as J-HNHA. Finally, homoserine lactone was included. The ensemble of structures given ...詳細: 15 rounds of simulated annealing were carried out to optimize included NOE contacts and lengths, as well as J-HNHA. Finally, homoserine lactone was included. The ensemble of structures given is superposed over the region I169-F176. Other useful superpositions that should be examined are D159-L163 and L165-P168.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る