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- PDB-1y1x: Structural analysis of a homolog of programmed cell death 6 prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y1x
タイトルStructural analysis of a homolog of programmed cell death 6 protein from Leishmania major Friedlin
要素Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SGPP / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 6 protein-like protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of a homolog of programmed cell death 6 protein from Leishmania major Friedlin
著者: Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2004年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein
B: Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8519
ポリマ－43,4022
非ポリマー4497
水3,891216
1
A: Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9745
ポリマ－21,7011
非ポリマー2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8774
ポリマ－21,7011
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.754, 92.945, 52.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Leishmania Major Homolog of Programmed Cell Death 6 Protein


分子量: 21701.223 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 53-234 / 変異: deletion 1-52 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: LmjF13.1460 / Plasmid details: T7 SYSTEM / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q9N9M3, UniProt: Q4QG08*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Lithium sulfate, HEPES, magnesium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-3 / 波長: 0.97461 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射モノクロメーター: UNSPEC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97461 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 33531 / Num. obs: 33506 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 27.432 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3643 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 72.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Partial model from MAD experiments

解像度: 1.95→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.856 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23277 1575 5.1 %RANDOM
Rwork0.18745 ---
all0.1898 29038 --
obs0.1898 29038 97.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2827 0 19 216 3062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9433901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85235900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2585353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.79522.781151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00215480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6751529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.22506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21590
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0530.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1670.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.72641824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8274737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5962814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.21761217
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.538101087
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.055 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 174 -
Rwork0.219 3679 -
obs-3679 85.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7257-0.9538-1.14652.5608-1.58066.15630.15910.47980.0297-0.0674-0.1351-0.02010.29490.2091-0.024-0.23180.0143-0.0087-0.187-0.0343-0.164395.22822.25426.628
22.37730.54450.48060.2550.08160.1034-0.00030.102-0.02620.03290.0016-0.02020.05020.0943-0.0013-0.05350.00630.0102-0.07760.001-0.029378.91920.3533.355
30.07380.2751-0.07461.6645-0.53450.1783-0.0180.03140.0314-0.02160.03190.0626-0.06420.0052-0.0138-0.0693-0.020.0053-0.0880.0144-0.047863.75736.25644.061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 2610 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2AA27 - 19127 - 191
3X-RAY DIFFRACTION2AC - D201 - 2021
4X-RAY DIFFRACTION3BB27 - 19127 - 191
5X-RAY DIFFRACTION3BG - H211 - 2121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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