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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y1l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of arsenate reductase from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304, structural genomics | ||||||
要素 | arsenate reductase (arsC) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ARSENATE REDUCTASE / DETOXIFICATION / CADMIUM / OXIDIZED FORM / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of arsenate reductase from Archaeoglobus fulgidus 著者: Patskovsky, Y. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y1l.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y1l.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y1l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1y1l_validation.pdf.gz | 411.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1y1l_full_validation.pdf.gz | 431.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1y1l_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1y1l_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y1l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | TETRAMER (PREDICTED), THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THE WHOLE TETRAMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13976.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF1361 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28910 #2: 化合物 | ChemComp-CD / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / pH: 4.8 詳細: PEG10000, pH 4.80, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 13056 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.156 / % possible all: 70.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 240955.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.04 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |