PDB-1y1c: Solution structure of Anemonia elastase inhibitor analogue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y1c

タイトル

Solution structure of Anemonia elastase inhibitor analogue

要素

Elastase inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / non-classical / Kazal-type / protease inhibitor / CSH motif

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell differentiation / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Hemmi, H. / Kumazaki, T. / Yoshizawa-Kumagaye, K. / Nishiuchi, Y. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural and Functional Study of an Anemonia Elastase Inhibitor, a "Nonclassical" Kazal-Type Inhibitor from Anemonia sulcata
著者: Hemmi, H. / Kumazaki, T. / Yoshizawa-Kumagaye, K. / Nishiuchi, Y. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.

履歴

登録	2004年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y1c.cif.gz	274 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y1c.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y1bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cf4-1 1h5o-d 1spw-d 3q1d-d 1kqh-d 5t56-d 5up5-d 1y1b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 63871H Chemical shifts

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Elastase inhibitor

5.11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #11	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Elastase inhibitor 分子量: 5110.932 Da / 分子数: 1 / 変異: C4A/L6C/G31C/C34A / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence is modified from the sequence occuring naturally in sea anemone Anemonia sulcata ((Snake-locks sea anemone). 参照: UniProt: P16895
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY
1	4	1	2D ROESY
1	5	1	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 3mM Anemonia elastase inhibitor analogue; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: NA / pH: 2.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	解析
Sparky	3	Goddard, Kneller	データ解析
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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