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- PDB-1y0z: X-ray structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g21360 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0z
タイトルX-ray structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g21360
要素protein product of AT3G21360
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT3G21360 / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Clavaminate synthase-like protein At3g21360
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: The structure at 2.4 A resolution of the protein from gene locus At3g21360, a putative Fe(II)/2-oxoglutarate-dependent enzyme from Arabidopsis thaliana.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T. / Wesenberg, G.E. / Aceti, D.J. / Wrobel, R.L. / Frederick, R.O. / Sreenath, H. / Vojtik, F.C. / Jeon, W.B. / Newman, C.S. / Primm, J. / Sussman, M.R. ...著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T. / Wesenberg, G.E. / Aceti, D.J. / Wrobel, R.L. / Frederick, R.O. / Sreenath, H. / Vojtik, F.C. / Jeon, W.B. / Newman, C.S. / Primm, J. / Sussman, M.R. / Fox, B.G. / Markley, J.L. / Phillips, G.N.
履歴
登録2004年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Version format compliance
改定 1.42011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.52017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE ...THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN AND THE TWO CHAINS IN THE ASYMMETRIC UNIT MAY NOT REPRESENT THE BIOLOGICAL UNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein product of AT3G21360
B: protein product of AT3G21360
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0178
ポリマ－74,5212
非ポリマー4966
水14,052780
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.276, 61.094, 114.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 protein product of AT3G21360


分子量: 37260.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g21360 / プラスミド: pVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9LIG0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.957.64
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.510 MG/ML PROTEIN, 16% GLYCEROL, 1.80 M AMMONIUM SULFATE, 0.100 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.510 MG/ML PROTEIN, 15% GLYCEROL, 1.75 M AMMONIUM SULFATE, 0.100 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97954
シンクロトロンAPS 14-ID-B20.97927
検出器
タイプID検出器日付詳細
APS-11CCD2004年7月31日sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
MAR CCD 165 mm2CCD2004年10月25日bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator, water cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond (111) double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979541
20.979271
反射解像度: 2.39→43.63 Å / Num. all: 34020 / Num. obs: 34020 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Limit h max: 51 / Limit h min: -60 / Limit k max: 25 / Limit k min: -60 / Limit l max: 47 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 279052.43 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.572
反射 シェル

Mean I/σ(I) obs: 4.451 / Diffraction-ID: 1,2 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
2.4-2.460.28322500.86599.9
2.46-2.520.26722330.9100
2.52-2.590.24522310.929100
2.59-2.660.22522970.98100
2.66-2.750.21722301.143100
2.75-2.850.17522531.138100
2.85-2.960.13722561.085100
2.96-3.090.10822741.109100
3.09-3.260.09322721.11199.9
3.26-3.460.07322711.052100
3.46-3.730.05822631.002100
3.73-4.10.04922940.995100
4.1-4.70.04322770.9799.3
4.7-5.920.04422741.0299.6
5.92-500.0323451.04698.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 3.69 Å / D res low: 43.52 Å / FOM : 0.351 / FOM acentric: 0.367 / FOM centric: 0 / 反射: 17720
Phasing MAD setR cullis: 0.692 / R cullis acentric: 0.676 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.023 / R kraut acentric: 0.023 / R kraut centric: 0.005 / 最高解像度: 3.69 Å / 最低解像度: 43.52 Å / FOM : 0.353 / FOM acentric: 0.369 / FOM centric: 0 / Loc: 16.521 / Loc acentric: 16.526 / Loc centric: 16.555 / Power: 1.547 kW / Power acentric: 1.542 / Power centric: 1.653
Phasing MAD set波長: 0.97927 Å / Atom type: SE / F double prime refined: 2.28 / F prime refined: -11
Phasing MAD set shell

ID: f_peak_FRIED / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)R cullisR cullis acentricR krautR kraut acentricR kraut centricFOM FOM acentricLocLoc acentricLoc centricPower (kW)Power acentricPower centric
7.37-43.520.6430.6140.0270.0290.0070.3720.40817.80517.8317.8191.8621.871.781
5.85-7.370.5770.5610.0310.0320.0070.4080.43115.22215.22915.2262.0142.0062.159
5.12-5.850.5970.5830.0260.0260.0080.4010.4214.75414.75414.7541.8711.8612.071
4.65-5.120.6480.6350.0190.020.0030.3910.40715.63515.64215.6391.6081.6111.521
4.32-4.650.7290.7160.0190.0190.0030.3370.3516.00316.0116.0071.431.431.432
4.06-4.320.7610.7480.0180.0190.0020.320.33216.85416.85416.8541.2781.2771.3
3.86-4.060.7950.7830.0210.0210.0020.3130.32317.43617.43617.4361.1921.1971.036
3.69-3.860.8540.8410.0230.0230.0050.2730.28218.61618.62518.6211.0531.0531.068
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
147.0945-40.90040.004405897SE16.44991
275.2987-44.455138.1047SE24.51131
315.6163-34.079937.1413SE25.7711
437.3727-44.482890.4684SE33.17281
544.8684-54.616476.5589SE53.61441
668.868-41.021340.117SE49.19481
756.2694-51.162584.2961SE47.81991
825.5662-31.003343.7895SE75.81581
944.0097-54.51582.014SE84.97141
1021.0149-30.946147.6547SE00.317548
1113.9938-41.994739.8289SE00.241042
1230.5073-31.851722.6074SE00.185791
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射
7.37-43.520.36990.405302222
5.85-7.370.40720.429902240
5.12-5.850.39970.418502211
4.65-5.120.3890.404602221
4.32-4.650.3360.348102255
4.06-4.320.31860.329902213
3.86-4.060.31230.321602252
3.69-3.860.27080.279502106
Phasing dmFOM : 0.63 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.61 / 反射: 33929 / Reflection acentric: 32025 / Reflection centric: 1904
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.8-43.5090.90.90.7915111287224
4.3-6.80.870.880.7645804225355
3.4-4.30.850.860.7656815336345
3-3.40.730.740.6157715480291
2.6-30.510.510.45101929745447
2.4-2.60.320.320.3161945952242

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
RESOLVE2.05位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→43.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: Molprobity used to assist in final model building
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1628 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all-33755 --
obs-32733 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: bulk solvent model / Bsol: 56.3737 Å2 / ksol: 0.349677 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.4 Å2 / Biso mean: 35.6 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.59 Å20 Å24.42 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3----2.22 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 22 780 5941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.92
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it6.081.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it9.432
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it9.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it13.482.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.510.3372075.30.26536810.0234172388893.2
2.51-2.640.2872055.20.23637510.024206395694.1
2.64-2.810.2892045.10.23537880.024193399295.2
2.81-3.020.27820650.20438820.0194202408897.3
3.02-3.330.2672165.20.19839140.0184205413098.2
3.33-3.810.2171954.60.17740100.0164235420599.3
3.81-4.80.1711964.70.13939990.0124233419599.1
4.8-43.630.2311994.70.240800.0164341427998.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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