+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y0g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI YCEI PROTEIN, STRUCTURAL GENOMICS | ||||||
![]() | Protein yceI | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / lipocalin / cofactor / coenzyme / dehydrogenase / hydrolase / predicted / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patskovsky, Y.V. / Strokopytov, B. / Ramagopal, U. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI YCEI PERIPLASMIC PROTEIN 著者: Patskovsky, Y.V. / Strokopytov, B. / Ramagopal, U. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 600 | HETEROGEN THE AUTHOR STATES THAT THE LIGAND 8PP PRESENT IN THE COORDINATES IS A LIGAND THAT HAS ...HETEROGEN THE AUTHOR STATES THAT THE LIGAND 8PP PRESENT IN THE COORDINATES IS A LIGAND THAT HAS NATURALLY OCCURED AND WAS NOT ADDED DURING CRYSTALLIZATION. THE STRUCTURE OF THE 8PP LIGAND IS A PREDICTION. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 966.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 969.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fu6S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HOMODIMER, THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO HOMODIMERS |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20939.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-8PP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 83 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年10月20日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
| |||||||||
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 42065 / Num. obs: 42065 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3976 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 96.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FU6 解像度: 2.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 273430.28 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.345 Å2 / ksol: 0.300653 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|