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- PDB-1xyz: A COMMON PROTEIN FOLD AND SIMILAR ACTIVE SITE IN TWO DISTINCT FAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xyz
タイトルA COMMON PROTEIN FOLD AND SIMILAR ACTIVE SITE IN TWO DISTINCT FAMILIES OF BETA-GLYCANASES
要素1,4-BETA-D-XYLAN-XYLANOHYDROLASE
キーワードGLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOSYL HYDROLASE / XYLANASE / FAMILY F/10 OF GLYCOSYL HYDROLASES / CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan endo-1,3-beta-xylosidase activity / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Esterase-like / Putative esterase / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. ...Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Esterase-like / Putative esterase / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase Z
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Alzari, P.M. / Spinelli, S. / Dominguez, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: A common protein fold and similar active site in two distinct families of beta-glycanases.
著者: Dominguez, R. / Souchon, H. / Spinelli, S. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Chauvaux, S. / Beguin, P. / Alzari, P.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Analysis of the Catalytic Domain of Xylanase Z from Clostridium Thermocellum
著者: Souchon, H. / Spinelli, S. / Beguin, P. / Alzari, P.M.
履歴
登録1995年6月7日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-BETA-D-XYLAN-XYLANOHYDROLASE
B: 1,4-BETA-D-XYLAN-XYLANOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8682
ポリマ－78,8682
非ポリマー00
水8,233457
1
A: 1,4-BETA-D-XYLAN-XYLANOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4341
ポリマ－39,4341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,4-BETA-D-XYLAN-XYLANOHYDROLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4341
ポリマ－39,4341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.100, 51.100, 70.740
Angle α, β, γ (deg.)100.54, 83.79, 101.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: HIS A 596 - THR A 597 OMEGA = 0.11 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: HIS B 596 - THR B 597 OMEGA = 0.29 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99997, 0.00357, 0.00622), (0.00634, 0.03409, 0.9994), (0.00336, 0.99941, -0.03411)
ベクター: 23.67979, -4.45463, 56.27028)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 516 .. A 835 B 516 .. B 835 0.287

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要素

#1: タンパク質 1,4-BETA-D-XYLAN-XYLANOHYDROLASE / ENDO-1\ / 4-BETA-XYLANASE Z / XYLANASE XYNZ


分子量: 39434.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: NCIB 10682 / プラスミド: PCT1214 (PUC8) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10478, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
320 %PEG20001reservoir
40.2 Mcalcium acetate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11704 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 117046 / Num. measured all: 343930 / Rmerge(I) obs: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.221 -
Rwork0.183 -
obs0.183 117046
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5166 0 0 457 5623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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