PDB-1xx7: Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-403030-001

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xx7

タイトル

Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-403030-001

要素

oxetanocin-like protein

キーワード

structural genomics / unknown function / PSI / SECSG / protein structure initiative / southeast collaboratory for structural genomics / Pyrococcus furiosus / conserved hypothetical protein / hyperthermophile

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.261 Å

データ登録者

Chen, L. / Tempel, W. / Habel, J. / Zhou, W. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Lee, D. / Kelley, L.-L.C. / Dillard, B.D. / Liu, Z.-J. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-403030-001
著者: Chen, L. / Tempel, W. / Habel, J. / Zhou, W. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Lee, D. / Kelley, L.-L.C. / Dillard, B.D. / Liu, Z.-J. / Bridger, S. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr, F.E. ...

履歴

登録	2004年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xx7.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xx7.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/1xx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/1xx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3k4w-1 4lna-1 1pbn-1 1td1-d 1ula-1 1tcv-d 1m73-1 3d1v-1 4ece-2 1tdj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-403030-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: oxetanocin-like protein

B: oxetanocin-like protein

C: oxetanocin-like protein

D: oxetanocin-like protein

E: oxetanocin-like protein

F: oxetanocin-like protein

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.073, 111.335, 125.984
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

not known

#1: タンパク質	oxetanocin-like protein 分子量: 21118.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3R1
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% v/v PEG 2000 MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 64843 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 0.953

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
2.25-2.33	0.358	6375	0.937	99.4
2.33-2.42	0.254	6392	0.848	100
2.42-2.53	0.195	6378	0.804	100
2.53-2.67	0.15	6459	0.89	100
2.67-2.83	0.11	6435	0.816	100
2.83-3.05	0.085	6449	0.852	100
3.05-3.36	0.059	6482	0.922	100
3.36-3.85	0.045	6487	1.099	100
3.85-4.84	0.034	6588	1.274	100
4.84-30	0.026	6798	1.073	100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.8 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.24 / 反射: 13845

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
11.84-20	0.25	844
8.11-11.84	0.27	1213
6.53-8.11	0.31	1486
5.61-6.53	0.27	1691
4.99-5.61	0.25	1918
4.54-4.99	0.22	2083
4.2-4.54	0.22	2249
3.92-4.2	0.2	2361

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.55 / 反射: 22915 / Reflection acentric: 20341 / Reflection centric: 2574

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.1-19.957	0.85	0.85	0.69	981	715	266
5.7-9.1	0.7	0.72	0.59	3147	2635	512
4.6-5.7	0.7	0.71	0.58	3900	3423	477
4-4.6	0.71	0.72	0.59	3890	3491	399
3.4-4	0.55	0.55	0.5	6807	6212	595
3.2-3.4	0.36	0.36	0.36	4190	3865	325

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
MAR345		データ収集
ARP/wARP		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.261→83.333 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.231 / WR_factor R_work: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	2015	3.111 %	thin shells
R_work	0.1995	-	-	-
all	0.201	-	-	-
obs	0.20098	64776	99.415 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.862 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.148 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.367 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.261→83.333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7728	0	25	69	7822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	7840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	7614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	2.003	10631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.718	3	17539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.903	5	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.553	25.118	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.472	15	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.792	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	6558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.105	0.2	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.308	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.554	2	5015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.83	3	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.49	3	6925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.782	2	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	2	5574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.076	3	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.178	3	10614

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.261-2.319	0.345	124	0.248	4292	4752	92.929
2.319-2.383	0.249	155	0.213	4451	4612	99.87
2.383-2.452	0.265	155	0.21	4364	4519	100
2.452-2.527	0.237	124	0.203	4270	4394	100
2.527-2.61	0.276	124	0.203	4107	4231	100
2.61-2.701	0.278	124	0.203	4016	4140	100
2.701-2.803	0.249	124	0.207	3878	4002	100
2.803-2.918	0.264	124	0.219	3690	3814	100
2.918-3.047	0.275	124	0.219	3572	3696	100
3.047-3.196	0.271	93	0.205	3431	3524	100
3.196-3.368	0.265	124	0.207	3252	3376	100
3.368-3.572	0.277	93	0.198	3071	3164	100
3.572-3.818	0.233	93	0.186	2927	3020	100
3.818-4.124	0.195	93	0.174	2720	2813	100
4.124-4.516	0.21	62	0.157	2518	2580	100
4.516-5.047	0.197	93	0.168	2261	2354	100
5.047-5.825	0.237	62	0.203	2044	2106	100
5.825-7.125	0.267	62	0.237	1731	1793	100
7.125-10.04	0.189	31	0.179	1390	1421	100
10.04-83.333	0.256	31	0.263	776	846	95.39

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