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- PDB-1xwd: Crystal Structure of Human Follicle Stimulating Hormone Complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xwd
タイトルCrystal Structure of Human Follicle Stimulating Hormone Complexed with its Receptor
要素
  • Follicle stimulating hormone receptor
  • Follitropin beta chain
  • Glycoprotein hormones alpha chain
キーワードHormone/Growth Factor / Hormone-receptor complex / Leucine-rich repeats / Cysteine-knot motif / Hormone-Growth Factor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle-stimulating hormone receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of acetylcholine metabolic process / progesterone biosynthetic process / regulation of protein kinase A signaling / regulation of hormone metabolic process / positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex ...follicle-stimulating hormone receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of acetylcholine metabolic process / progesterone biosynthetic process / regulation of protein kinase A signaling / regulation of hormone metabolic process / positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / primary ovarian follicle growth / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Hormone ligand-binding receptors / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / Sertoli cell proliferation / gonad development / intracellular water homeostasis / sperm DNA condensation / negative regulation of organ growth / Sertoli cell development / basement membrane organization / transcytosis / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / regulation of systemic arterial blood pressure / female gonad development / regulation of signaling receptor activity / thyroid hormone generation / positive regulation of bone resorption / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of bone resorption / organ growth / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / regulation of chromosome organization / uterus development / peptide hormone binding / thyroid gland development / hormone-mediated signaling pathway / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / locomotory behavior / female pregnancy / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Golgi lumen / male gonad development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron projection development / spermatogenesis / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. ...Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Cystine-knot cytokine / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormones alpha chain / Follitropin subunit beta / Follicle-stimulating hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Fan, Q.R. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structure of human follicle-stimulating hormone in complex with its receptor.
著者: Fan, Q.R. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2004年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein hormones alpha chain
B: Follitropin beta chain
C: Follicle stimulating hormone receptor
D: Glycoprotein hormones alpha chain
E: Follitropin beta chain
F: Follicle stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,33417
ポリマ－102,7086
非ポリマー2,62611
水90150
1
A: Glycoprotein hormones alpha chain
B: Follitropin beta chain
C: Follicle stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,95111
ポリマ－51,3543
非ポリマー1,5978
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Glycoprotein hormones alpha chain
E: Follitropin beta chain
F: Follicle stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3836
ポリマ－51,3543
非ポリマー1,0293
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.330, 66.938, 148.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21F
31C
41F
51C
61F
71C
81F
91C
101F
111C
121F
131C
141F
151C
161F
171C
181F
191C
201F
211C
221F
12A
22D
32A
42D
52A
62D
72A
82D
92A
102D
112A
122D
132A
142D
152A
162D
172A
182D
192A
202D
13B
23E
33B
43E
53B
63E
73B
83E
93B
103E
113B
123E
133B
143E
153B
163E
173B
183E
193B
203E
213B
223E
233B
243E
253B
263E
273B
283E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111CYSCYSASNASN6CC18 - 272 - 11
211CYSCYSASNASN6FF18 - 272 - 11
321ARGARGPHEPHE1CC28 - 6612 - 50
421ARGARGPHEPHE1FF28 - 6612 - 50
531SERSERGLYGLY6CC67 - 6851 - 52
631SERSERGLYGLY6FF67 - 6851 - 52
741PHEPHEPHEPHE1CC69 - 9153 - 75
841PHEPHEPHEPHE1FF69 - 9153 - 75
951SERSERASNASN6CC92 - 9376 - 77
1051SERSERASNASN6FF92 - 9376 - 77
1161LEULEUVALVAL1CC94 - 16678 - 150
1261LEULEUVALVAL1FF94 - 16678 - 150
1371GLYGLYLEULEU6CC167 - 168151 - 152
1471GLYGLYLEULEU6FF167 - 168151 - 152
1581SERSERHISHIS1CC169 - 215153 - 199
1681SERSERHISHIS1FF169 - 215153 - 199
1791GLYGLYALAALA6CC216 - 217200 - 201
1891GLYGLYALAALA6FF216 - 217200 - 201
19101SERSERLEULEU1CC218 - 244202 - 228
20101SERSERLEULEU1FF218 - 244202 - 228
21111ARGARGTYRTYR6CC245 - 250229 - 234
22111ARGARGTYRTYR6FF245 - 250229 - 234
112ASPASPPROPRO4AA6 - 166 - 16
212ASPASPPROPRO4DD6 - 166 - 16
322PHEPHEALAALA6AA17 - 2317 - 23
422PHEPHEALAALA6DD17 - 2317 - 23
532PROPROMETMET4AA24 - 2924 - 29
632PROPROMETMET4DD24 - 2924 - 29
742GLYGLYPROPRO1AA30 - 4030 - 40
842GLYGLYPROPRO1DD30 - 4030 - 40
952LEULEUVALVAL4AA41 - 5341 - 53
1052LEULEUVALVAL4DD41 - 5341 - 53
1162THRTHRTHRTHR1AA54 - 5854 - 58
1262THRTHRTHRTHR1DD54 - 5854 - 58
1372CYSCYSARGARG4AA59 - 6759 - 67
1472CYSCYSARGARG4DD59 - 6759 - 67
1582VALVALTYRTYR1AA68 - 8968 - 89
1682VALVALTYRTYR1DD68 - 8968 - 89
1792HISHISLYSLYS4AA90 - 9190 - 91
1892HISHISLYSLYS4DD90 - 9190 - 91
19102SERSERSERSER6AA9292
20102SERSERSERSER6DD9292
113CYSCYSGLUGLU4BB3 - 43 - 4
213CYSCYSGLUGLU4EE3 - 43 - 4
323LEULEUILEILE1BB5 - 125 - 12
423LEULEUILEILE1EE5 - 125 - 12
533GLUGLUGLUGLU4BB13 - 1513 - 15
633GLUGLUGLUGLU4EE13 - 1513 - 15
743GLUGLUARGARG1BB16 - 3516 - 35
843GLUGLUARGARG1EE16 - 3516 - 35
953ASPASPLEULEU4BB36 - 3736 - 37
1053ASPASPLEULEU4EE36 - 3736 - 37
1163VALVALPROPRO6BB38 - 4238 - 42
1263VALVALPROPRO6EE38 - 4238 - 42
1373ALAALAILEILE4BB43 - 4743 - 47
1473ALAALAILEILE4EE43 - 4743 - 47
1583GLNGLNGLUGLU1BB48 - 5548 - 55
1683GLNGLNGLUGLU1EE48 - 5548 - 55
1793LEULEUTHRTHR4BB56 - 7556 - 75
1893LEULEUTHRTHR4EE56 - 7556 - 75
19103TYRTYRASPASP1BB76 - 9376 - 93
20103TYRTYRASPASP1EE76 - 9376 - 93
21113CYSCYSLEULEU4BB94 - 9994 - 99
22113CYSCYSLEULEU4EE94 - 9994 - 99
23123GLYGLYPROPRO6BB100 - 101100 - 101
24123GLYGLYPROPRO6EE100 - 101100 - 101
25133SERSERPHEPHE1BB102 - 106102 - 106
26133SERSERPHEPHE1EE102 - 106102 - 106
27143GLYGLYGLYGLY6BB107107
28143GLYGLYGLYGLY6EE107107

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Glycoprotein hormones alpha chain / Follitropin alpha chain / Follicle-stimulating hormone alpha chain / FSH-alpha / Lutropin alpha ...Follitropin alpha chain / Follicle-stimulating hormone alpha chain / FSH-alpha / Lutropin alpha chain / Luteinizing hormone alpha chain / LSH-alpha / Thyrotropin alpha chain / Thyroid-stimulating hormone alpha chain / TSH-alpha / Choriogonadotropin alpha chain / Chorionic gonadotrophin alpha subunit / CG-alpha


分子量: 10217.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGA / プラスミド: pFastBac Dual / 細胞株 (発現宿主): High 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01215
#2: タンパク質 Follitropin beta chain / Follicle-stimulating hormone beta subunit / FSH-beta / FSH-B


分子量: 12500.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSHB / プラスミド: pFastBac Dual / 細胞株 (発現宿主): High 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01225
#3: タンパク質 Follicle stimulating hormone receptor / FSH-R / Follitropin receptor


分子量: 28635.830 Da / 分子数: 2 / Fragment: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSHR / プラスミド: pFastBac Dual / 細胞株 (発現宿主): High 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P23945

-
糖 , 3種, 8分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+?)][]{[(?+2)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 53分子

#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 25282 / Num. obs: 25282 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2494 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FL7

1fl7


解像度: 2.92→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 37.017 / SU ML: 0.333 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1262 5 %RANDOM
Rwork0.2193 ---
all0.2213 25282 --
obs0.2213 25282 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å20 Å2-1.18 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3----2.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6815 0 166 50 7031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.9769737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3045856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.57324.472322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.924151214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.711538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.22955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.24675
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0640.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.94854405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.88467023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90163004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2347.52714
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1C1694tight positional0.370.32
2A285tight positional0.40.32
3B462tight positional0.390.32
2A325medium positional0.570.63
3B297medium positional1.050.63
1C178loose positional2.9410
2A60loose positional0.7410
3B59loose positional1.1110
1C1694tight thermal3.663.16
2A285tight thermal6.643.16
3B462tight thermal10.013.16
2A325medium thermal5.236.32
3B297medium thermal16.026.32
1C178loose thermal16.0499.9
2A60loose thermal4.7999.9
3B59loose thermal9.4199.9
LS精密化 シェル解像度: 2.92→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 192 -
Rwork0.297 3271 -
obs-3463 93.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4631-0.22970.41580.89660.09861.87940.03670.0033-0.02420.06440.0248-0.0550.11840.1811-0.0615-0.021-0.0261-0.048-0.0824-0.0136-0.038715.6897-8.826251.2914
21.0599-0.186-0.48991.97141.112.41450.0470.2397-0.01930.1828-0.13880.13070.0829-0.1850.0918-0.16650.00350.0194-0.038-0.0058-0.044819.487-43.355720.0938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 923 - 92
2X-RAY DIFFRACTION1BB3 - 1073 - 107
3X-RAY DIFFRACTION1CC18 - 2592 - 243
4X-RAY DIFFRACTION2DD6 - 926 - 92
5X-RAY DIFFRACTION2EE3 - 1073 - 107
6X-RAY DIFFRACTION2FF18 - 2502 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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