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万見
- PDB-1xwa: Drospohila thioredoxin, oxidized, P41212 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xwa
タイトルDrospohila thioredoxin, oxidized, P41212
要素thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Dimerization / Drosophila melanogaster / redox regulation / thioredoxin / x-ray crystal structure
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Protein repair / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Oxidative Stress Induced Senescence / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / defense response to fungus ...The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Protein repair / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Oxidative Stress Induced Senescence / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / defense response to fungus / cell redox homeostasis / determination of adult lifespan / response to oxidative stress / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wahl, M.C. / Irmler, A. / Hecker, B. / Schirmer, R.H. / Becker, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Comparative structural analysis of oxidized and reduced thioredoxin from Drosophila melanogaster
著者: Wahl, M.C. / Irmler, A. / Hecker, B. / Schirmer, R.H. / Becker, K.
履歴
登録2004年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thioredoxin
B: thioredoxin
C: thioredoxin
D: thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7898
ポリマ－48,4164
非ポリマー3734
水7,530418
1
A: thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4775
ポリマ－12,1041
非ポリマー3734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1041
ポリマ－12,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1041
ポリマ－12,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1041
ポリマ－12,1041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: thioredoxin
ヘテロ分子

D: thioredoxin

B: thioredoxin

C: thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7898
ポリマ－48,4164
非ポリマー3734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-1/41
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+3/41
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3530 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
6
A: thioredoxin
ヘテロ分子

B: thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5816
ポリマ－24,2082
非ポリマー3734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+3/41
Buried area1010 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.544, 92.544, 97.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
thioredoxin


分子量: 12104.024 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: TRX-2 / プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9V429
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: CdCl2, PEG400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 37273 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1AUC

1auc


解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1604 -Random
Rwork0.226 ---
obs-32287 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3309 0 4 418 3731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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