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- PDB-1xua: Structure and function of the phenazine biosynthetic protein PhzF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xua
タイトルStructure and function of the phenazine biosynthetic protein PhzF from Pseudomonas fluorescens
要素Phenazine biosynthesis protein phzF
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / phenazine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / trans-2,3-dihydro-3-hydroxy-anthranilate isomerase activity / phenazine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HHA / Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement of 1U1W / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure and function of the phenazine biosynthetic protein PhzF from Pseudomonas fluorescens
著者: Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V.
履歴
登録2004年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein phzF
B: Phenazine biosynthesis protein phzF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8234
ポリマ－64,5132
非ポリマー3102
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.950, 100.430, 57.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1134-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein phzF


分子量: 32256.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q51792
#2: 化合物 ChemComp-HHA / (2S,3S)-TRANS-2,3-DIHYDRO-3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / (2S,3S)-2,3-ジヒドロ-3-ヒドロキシアントラニル酸


分子量: 155.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 28% (w/v) PEG 4000, 0.1M Na-Citrate, 0.2M (NH4) Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月5日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 43122 / Num. obs: 43013 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: rigid body refinement of 1U1W
開始モデル: 1U1W

1u1w


解像度: 1.9→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.804 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18657 2169 5 %RANDOM
Rwork0.14221 ---
obs0.14446 40843 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.342 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 22 432 4702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0214589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.9496274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.83239713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5725601
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3040.24599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1090.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3370.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0911.52921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88424713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19131668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0754.51561
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 138
Rwork0.181 2885
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25650.0657-0.10010.07-0.00650.13980.00310.02030.0110.00350.0118-0.0016-0.0147-0.01-0.01490.0281-0.00020.00120.01150.00970.03556.99331.219625.008
20.09380.01770.01190.068-0.1670.5228-0.00560.01390.0253-0.01180.0386-0.01660.0816-0.0379-0.03290.0483-0.0124-0.00270.00680.00890.018716.867910.38871.749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 27821 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1AC10011
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 27821 - 298
4X-RAY DIFFRACTION2BD10021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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