[日本語] English
万見
- PDB-1xtz: Crystal structure of the S. cerevisiae D-ribose-5-phosphate isome... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xtz
タイトルCrystal structure of the S. cerevisiae D-ribose-5-phosphate isomerase: comparison with the archeal and bacterial enzymes
要素Ribose-5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / D-ribose-5-phosphate isomerase / yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


Pentose phosphate pathway / D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pyridoxine biosynthetic process / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribose-5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Graille, M. / Meyer, P. / Leulliot, N. / Sorel, I. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H. / Quevillon-Cheruel, S.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the S. cerevisiae D-ribose-5-phosphate isomerase: comparison with the archaeal and bacterial enzymes
著者: Graille, M. / Meyer, P. / Leulliot, N. / Sorel, I. / Janin, J. / Van Tilbeurgh, H. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribose-5-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1241
ポリマ－29,1241
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Ribose-5-phosphate isomerase

A: Ribose-5-phosphate isomerase

A: Ribose-5-phosphate isomerase

A: Ribose-5-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4964
ポリマ－116,4964
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation51_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
Buried area9430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area37260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)209.240, 209.240, 209.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

HOH

21A-277-

HOH

31A-286-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer by the operations: Z, -Y, X; 1/2 -Z, -Y, 1/2-X; 1/2 -X, Y, 1/2-Z

-
要素

#1: タンパク質 Ribose-5-phosphate isomerase / Phosphoriboisomerase / D-ribose-5-phosphate ketol-isomerase


分子量: 29123.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RKI1 / プラスミド: pET9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q12189, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 30% Polyethylene Glycol 4000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23476 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.1→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1LK5

1lk5


解像度: 2.1→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.775 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24733 1159 5 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.19529 22023 100 %-
all-23182 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.368 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1930 0 0 133 2063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.9482658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5725245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.85124.58396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.49715346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.1781511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1431.51262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8621961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8433805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1964.5697
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 80 -
Rwork0.221 1536 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る