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- PDB-1xt9: Crystal Structure of Den1 in complex with Nedd8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xt9
タイトルCrystal Structure of Den1 in complex with Nedd8
要素
  • Neddylin
  • Sentrin-specific protease 8
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cysteine protease / ubiquitin-like / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of postsynapse assembly / regulation of proteolysis / protein deubiquitination / anatomical structure morphogenesis / post-translational protein modification / cysteine-type peptidase activity ...deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of postsynapse assembly / regulation of proteolysis / protein deubiquitination / anatomical structure morphogenesis / post-translational protein modification / cysteine-type peptidase activity / Iron uptake and transport / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / UCH proteinases / intracellular protein localization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NEDD8-specific protease 1/2-like / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Nedd8-like ubiquitin / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : ...NEDD8-specific protease 1/2-like / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Nedd8-like ubiquitin / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein NEDD8 / Sentrin-specific protease 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Reverter, D. / Wu, K. / Erdene, T.G. / Pan, Z.Q. / Wilkinson, K.D. / Lima, C.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of a Complex between Nedd8 and the Ulp/Senp Protease Family Member Den1.
著者: Reverter, D. / Wu, K. / Erdene, T.G. / Pan, Z.Q. / Wilkinson, K.D. / Lima, C.D.
履歴
登録2004年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE There is a covalent bond between CYS 163 chain A and GLY 76 chain B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sentrin-specific protease 8
B: Neddylin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7072
ポリマ－32,7072
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.849, 71.626, 52.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-275-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sentrin-specific protease 8 / Sentrin/SUMO-specific protease SENP8 / Cysteine protease FKSG8 / Protease / cysteine 2 / Den1 protease


分子量: 24133.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FUSION, CLEAVED WITH THROMBIN;
遺伝子: SENP8, FKSG8, PRSC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96LD8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 Neddylin / Ubiquitin-like protein NEDD8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FUSION, CLEAVED WITH THROMBIN
遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M bicine, 4% tert-butanol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月22日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SIR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 24989 / Num. obs: 22541 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.2→19.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1836633.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Friedel pairs were used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 628 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 12635 91.5 %-
all-13842 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.7169 Å2 / ksol: 0.3308 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.67 Å20 Å20 Å2
2--8.76 Å20 Å2
3---3.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 0 100 2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 96 5.2 %
Rwork0.291 1742 -
obs--81 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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