PDB-1xse: Crystal Structure of Guinea Pig 11beta-Hydroxysteroid Dehydrogena...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xse

タイトル

Crystal Structure of Guinea Pig 11beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1

要素

11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 11BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE DIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / steroid catabolic process / steroid binding / lung development / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cavia porcellus (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING /

単一同系置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ogg, D. / Elleby, B. / Norstrom, C. / Stefansson, K. / Abrahmsen, L. / Oppermann, U. / Svensson, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of guinea pig 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 provides a model for enzyme-lipid bilayer interactions
著者: Ogg, D. / Elleby, B. / Norstrom, C. / Stefansson, K. / Abrahmsen, L. / Oppermann, U. / Svensson, S.

履歴

登録	2004年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Version format compliance
改定 1.4	2018年8月8日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xse.cif.gz	128 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xse.ent.gz	97.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xse_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xse_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1xse_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	1xse_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dwf-3 4dl3-d 3tzy-2 6itg-2 3pnl-d 5fzf-d 4yp3-d 5ewf-d 6d0m-d 6kx7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
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ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
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脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (2)
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ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1

B: 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1

ヘテロ分子

66.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.385, 118.385, 184.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 24 - 297 / Label seq-ID: 22 - 295

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 分子量: 32338.391 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6QLL4, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG 550 MME, BisTris, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	MAX II	I711		1	1.092
回転陽極			RIGAKU RU300	2	1.5405

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	IMAGE PLATE	2003年9月5日
RIGAKU RAXIS	2	IMAGE PLATE	2003年9月17日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Confocal Multilayer Optics	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.092	1
2	1.5405	1

反射

解像度: 2.5→200 Å / Num. all: 22866 / Num. obs: 22866 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.272 / % possible all: 97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換

Phasing MIR

解像度: 2.5→9.98 Å / FOM acentric: 0.288 / FOM centric: 0.327 / Reflection acentric: 19855 / Reflection centric: 2372

Phasing MIR der

Der set-ID: 1 / Native set-ID: 1 / 解像度: 2.5→9.98 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	0	0	0	0	19792	2339
2	0.738	0.783	1.195	0.897	15431	1926
3	0.599	0.657	1.86	1.323	6625	784
4	0.996	0.971	0	0	8882	1183
5	1.001	1.025	0	0	10105	1418
6	0	0	0	0	0	0
7	0.421	0	0.335	0	15463	0
8	0.951	0	0.539	0	6644	0
9	1	0	0	0	8905	0
10	1	0	0	0	10143	0

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
7.55	9.98	1	0	0	0	0	365	114
6.32	7.55	1	0	0	0	0	481	118
5.54	6.32	1	0	0	0	0	584	107
5	5.54	1	0	0	0	0	646	109
4.59	5	1	0	0	0	0	727	118
4.26	4.59	1	0	0	0	0	771	101
4	4.26	1	0	0	0	0	854	108
3.78	4	1	0	0	0	0	886	107
3.59	3.78	1	0	0	0	0	958	111
3.43	3.59	1	0	0	0	0	998	109
3.29	3.43	1	0	0	0	0	1056	116
3.16	3.29	1	0	0	0	0	1113	128
3.05	3.16	1	0	0	0	0	1155	119
2.95	3.05	1	0	0	0	0	1189	137
2.86	2.95	1	0	0	0	0	1234	125
2.77	2.86	1	0	0	0	0	1283	122
2.7	2.77	1	0	0	0	0	1331	125
2.63	2.7	1	0	0	0	0	1364	128
2.56	2.63	1	0	0	0	0	1408	125
2.5	2.56	1	0	0	0	0	1389	112
7.55	9.98	2	0	0	0	0	0	0
6.32	7.55	2	0	0	0	0	0	0
5.54	6.32	2	0	0	0	0	0	0
5	5.54	2	0	0	0	0	0	0
4.59	5	2	0	0	0	0	0	0
4.26	4.59	2	0	0	0	0	0	0
4	4.26	2	0	0	0	0	0	0
3.78	4	2	0	0	0	0	0	0
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3.43	3.59	2	0	0	0	0	0	0
3.29	3.43	2	0	0	0	0	0	0
3.16	3.29	2	0	0	0	0	0	0
3.05	3.16	2	0	0	0	0	0	0
2.95	3.05	2	0	0	0	0	0	0
2.86	2.95	2	0	0	0	0	0	0
2.77	2.86	2	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	2	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	2	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	2	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	2	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	3	0.638	0.756	1.63	1.23	365	108
6.32	7.55	3	0.478	0.548	2.616	1.806	481	116
5.54	6.32	3	0.523	0.711	2.311	1.19	584	105
5	5.54	3	0.632	0.711	1.808	1.097	646	107
4.59	5	3	0.723	0.733	1.252	0.993	727	118
4.26	4.59	3	0.754	0.831	1.104	0.711	771	101
4	4.26	3	0.784	0.822	1.016	0.706	854	108
3.78	4	3	0.807	0.836	0.917	0.543	886	107
3.59	3.78	3	0.823	0.888	0.815	0.609	957	111
3.43	3.59	3	0.822	0.827	0.764	0.59	998	109
3.29	3.43	3	0.85	0.85	0.745	0.527	1055	116
3.16	3.29	3	0.864	0.829	0.758	0.501	1112	128
3.05	3.16	3	0.826	0.872	0.705	0.542	1153	118
2.95	3.05	3	0.828	0.869	0.67	0.432	1189	136
2.86	2.95	3	0.829	0.908	0.659	0.471	1232	124
2.77	2.86	3	0.839	0.893	0.605	0.456	1279	118
2.7	2.77	3	0.829	0.875	0.573	0.366	1142	96
2.63	2.7	3	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	3	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	3	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	4	0.521	0	1.063	0	369	0
6.32	7.55	4	0.429	0	1.131	0	480	0
5.54	6.32	4	0.393	0	0.998	0	584	0
5	5.54	4	0.321	0	0.819	0	648	0
4.59	5	4	0.238	0	0.695	0	729	0
4.26	4.59	4	0.203	0	0.635	0	773	0
4	4.26	4	0.227	0	0.521	0	858	0
3.78	4	4	0.235	0	0.433	0	893	0
3.59	3.78	4	0.24	0	0.352	0	958	0
3.43	3.59	4	0.32	0	0.255	0	1001	0
3.29	3.43	4	0.343	0	0.217	0	1058	0
3.16	3.29	4	0.395	0	0.176	0	1114	0
3.05	3.16	4	0.552	0	0.136	0	1159	0
2.95	3.05	4	0.999	0	0.122	0	1196	0
2.86	2.95	4	1	0	0.108	0	1239	0
2.77	2.86	4	1	0	0.089	0	1276	0
2.7	2.77	4	1	0	0.08	0	1128	0
2.63	2.7	4	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	4	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	4	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	5	0.397	0.86	3.193	1.275	317	72
6.32	7.55	5	0.36	0.396	3.821	2.596	413	79
5.54	6.32	5	0.397	0.499	3.299	1.807	507	75
5	5.54	5	0.492	0.5	2.585	1.76	569	74
4.59	5	5	0.609	0.6	1.846	1.498	643	83
4.26	4.59	5	0.635	0.687	1.66	1.005	688	68
4	4.26	5	0.673	0.718	1.521	1.178	764	78
3.78	4	5	0.695	0.796	1.401	0.927	797	78
3.59	3.78	5	0.735	0.741	1.157	1.037	873	80
3.43	3.59	5	0.755	0.765	1.089	0.917	911	85
3.29	3.43	5	0.735	0.819	1.207	0.426	143	12
3.16	3.29	5	0	0	0	0	0	0
3.05	3.16	5	0	0	0	0	0	0
2.95	3.05	5	0	0	0	0	0	0
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2.77	2.86	5	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	5	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	5	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	5	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	5	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	6	0.716	0	1.456	0	321	0
6.32	7.55	6	0.832	0	1.2	0	413	0
5.54	6.32	6	0.884	0	0.905	0	507	0
5	5.54	6	0.913	0	0.818	0	569	0
4.59	5	6	0.905	0	0.671	0	645	0
4.26	4.59	6	0.943	0	0.619	0	689	0
4	4.26	6	0.962	0	0.484	0	766	0
3.78	4	6	0.974	0	0.398	0	803	0
3.59	3.78	6	0.982	0	0.331	0	874	0
3.43	3.59	6	0.986	0	0.257	0	914	0
3.29	3.43	6	0.989	0	0.296	0	143	0
3.16	3.29	6	0	0	0	0	0	0
3.05	3.16	6	0	0	0	0	0	0
2.95	3.05	6	0	0	0	0	0	0
2.86	2.95	6	0	0	0	0	0	0
2.77	2.86	6	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	6	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	6	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	6	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	6	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	7	1.021	1.031	0	0	361	98
6.32	7.55	7	0.979	0.983	0	0	480	108
5.54	6.32	7	0.978	0.964	0	0	582	99
5	5.54	7	0.982	0.967	0	0	642	98
4.59	5	7	0.998	0.968	0	0	721	109
4.26	4.59	7	0.999	0.95	0	0	766	94
4	4.26	7	0.995	0.961	0	0	849	100
3.78	4	7	0.987	0.961	0	0	882	101
3.59	3.78	7	1.012	0.99	0	0	953	105
3.43	3.59	7	0.984	0.976	0	0	997	104
3.29	3.43	7	1.015	0.948	0	0	1040	100
3.16	3.29	7	0.974	0.907	0	0	609	67
3.05	3.16	7	0	0	0	0	0	0
2.95	3.05	7	0	0	0	0	0	0
2.86	2.95	7	0	0	0	0	0	0
2.77	2.86	7	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	7	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	7	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	7	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	7	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	8	1	0	0	0	368	0
6.32	7.55	8	1	0	0	0	480	0
5.54	6.32	8	1	0	0	0	582	0
5	5.54	8	1	0	0	0	644	0
4.59	5	8	1	0	0	0	723	0
4.26	4.59	8	1	0	0	0	767	0
4	4.26	8	1	0	0	0	854	0
3.78	4	8	1	0	0	0	889	0
3.59	3.78	8	1	0	0	0	955	0
3.43	3.59	8	1	0	0	0	1000	0
3.29	3.43	8	1	0	0	0	1042	0
3.16	3.29	8	1	0	0	0	601	0
3.05	3.16	8	0	0	0	0	0	0
2.95	3.05	8	0	0	0	0	0	0
2.86	2.95	8	0	0	0	0	0	0
2.77	2.86	8	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	8	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	8	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	8	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	8	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	9	1.484	1.619	0	0	365	114
6.32	7.55	9	0.986	1.019	0	0	481	118
5.54	6.32	9	0.986	0.996	0	0	584	107
5	5.54	9	0.985	0.984	0	0	646	109
4.59	5	9	0.998	0.966	0	0	727	118
4.26	4.59	9	0.987	0.965	0	0	771	101
4	4.26	9	0.985	0.979	0	0	854	108
3.78	4	9	0.988	0.978	0	0	886	107
3.59	3.78	9	0.974	0.972	0	0	958	111
3.43	3.59	9	0.978	0.978	0	0	998	109
3.29	3.43	9	0.973	0.984	0	0	1056	116
3.16	3.29	9	0.944	0.985	0	0	1113	128
3.05	3.16	9	0.977	1.001	0	0	666	72
2.95	3.05	9	0	0	0	0	0	0
2.86	2.95	9	0	0	0	0	0	0
2.77	2.86	9	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	9	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	9	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	9	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	9	0	0	0	0	0	0
7.55	9.98	10	1	0	0	0	372	0
6.32	7.55	10	1	0	0	0	481	0
5.54	6.32	10	1	0	0	0	584	0
5	5.54	10	1	0	0	0	648	0
4.59	5	10	1	0	0	0	729	0
4.26	4.59	10	1	0	0	0	773	0
4	4.26	10	1	0	0	0	859	0
3.78	4	10	1	0	0	0	893	0
3.59	3.78	10	1	0	0	0	960	0
3.43	3.59	10	1	0	0	0	1001	0
3.29	3.43	10	1	0	0	0	1059	0
3.16	3.29	10	1	0	0	0	1115	0
3.05	3.16	10	1	0	0	0	669	0
2.95	3.05	10	0	0	0	0	0	0
2.86	2.95	10	0	0	0	0	0	0
2.77	2.86	10	0	0	0	0	0	0
2.7	2.77	10	0	0	0	0	0	0
2.63	2.7	10	0	0	0	0	0	0
2.56	2.63	10	0	0	0	0	0	0
2.5	2.56	10	0	0	0	0	0	0

Phasing MIR der site

Der-ID: 1 / Atom type symbol: HG

ID	B_iso (Å)	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Occupancy
1	75.03	-32.532	-10.496	-14.633	0.38
2	66.04	-33.285	-56.528	-24.431	0.36
3	56.42	-32.532	-10.496	-14.633	0.69
4	55.12	-33.285	-56.528	-24.431	0.78

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
7.55-9.98	0.811	0.622	372	129
6.32-7.55	0.781	0.611	481	124
5.54-6.32	0.745	0.591	584	109
5-5.54	0.689	0.569	648	109
4.59-5	0.603	0.529	729	121
4.26-4.59	0.547	0.533	773	101
4-4.26	0.515	0.474	859	109
3.78-4	0.472	0.431	893	109
3.59-3.78	0.433	0.404	960	113
3.43-3.59	0.405	0.462	1001	109
3.29-3.43	0.277	0.309	1059	117
3.16-3.29	0.23	0.261	1115	128
3.05-3.16	0.218	0.208	1161	119
2.95-3.05	0.206	0.205	1196	137
2.86-2.95	0.176	0.171	1242	125
2.77-2.86	0.151	0.172	1286	123
2.7-2.77	0.12	0.131	1335	125
2.63-2.7	0	0	1364	128
2.56-2.63	0	0	1408	125
2.5-2.56	0	0	1389	112

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0001	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 18.054 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.63 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26729	1161	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19248	-	-	-
obs	0.19608	21448	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.306 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4210	0	96	349	4655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	1.994	5954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.993	5	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.62	24	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.273	15	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.223	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.161	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.27	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	1.5	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.97	2	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.742	3	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.619	4.5	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1096	tight positional	0.05	0.05
1057	medium positional	0.54	0.5
1096	tight thermal	0.13	0.5
1057	medium thermal	0.85	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	80	-
R_work	0.221	1513	-
obs	-	-	97.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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