PDB-1xq9: Structure of Phosphoglycerate Mutase from Plasmodium falciparum a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xq9

タイトル

Structure of Phosphoglycerate Mutase from Plasmodium falciparum at 2.6 Resolution

要素

phosphoglycerate mutase

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Phosphoglycerate / PGAM / glycolysis / mutase / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / Neutrophil degranulation / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Caruthers, J.M. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of Phosphoglycerate Mutase from Plasmodium falciparum at 2.6 Resolution
著者: Caruthers, J.M. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2004年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xq9.cif.gz	106.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xq9.ent.gz	84.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xq9_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xq9_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	1xq9_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	1xq9_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/1xq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/1xq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4odi-d 3kkk-d 1rii-d 4pgm-d 5pgm-2 5um0-d 1bq3-d 1bq4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal005984AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (8) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: phosphoglycerate mutase

B: phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: phosphoglycerate mutase

B: phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

A: phosphoglycerate mutase

B: phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.241, 71.516, 74.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

putative tetramer - dimer of dimers.

#1: タンパク質	phosphoglycerate mutase / PGAM 分子量: 29847.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-star / 参照: GenBank: 23508399, UniProt: Q8IIG6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Potassium Thiocyanate 0.1M, PEG 1000, 42%, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 25K

-
データ収集

検出器	日付: 2004年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.58→20 Å / Num. obs: 16331

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 24.643 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27192	781	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2073	-	-	-
obs	0.21055	15550	87.77 %	-
all	-	17717	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.507 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	1.18 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3926	0	9	52	3987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.819	1.966	5471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.824	5	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.102	24.615	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.651	15	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.009	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.656	1.5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.236	2	3921
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.927	3	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.097	4.5	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.451	57	-
R_work	0.306	1196	-
obs	-	-	91.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4117	-0.5197	-0.0687	1.1747	-0.056	0.5118	-0.0251	-0.1599	0.0669	0.0497	0.027	-0.0903	-0.029	0.066	-0.0019	-0.0002	-0.0031	-0.0156	0.0275	-0.004	-0.0185	15.56	58.8564	18.3339
2	0.7373	-0.5391	-0.0732	0.8447	0.0022	0.6161	-0.005	-0.0465	-0.0824	-0.0188	0.0392	0.0566	0.0683	-0.0571	-0.0342	0.0203	-0.0084	-0.0001	0.0083	0.0125	0.0074	-18.2636	51.3564	15.0489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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