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万見
- PDB-1xq5: Met-Perch Hemoglobin at 1.9A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xq5
タイトルMet-Perch Hemoglobin at 1.9A
要素
  • Hemoglobin alpha-1 chain
  • Hemoglobin beta-2 chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Fish Hemoglobin / rapid oxidation / structural genomics / protein structure initiative / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Alpha-type globin / Hemoglobin alpha-1 chain / Hemoglobin beta
類似検索 - 構成要素
生物種Perca flavescens (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Met-Perch Hemoglobin at 1.9A
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
履歴
登録2004年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha-1 chain
B: Hemoglobin beta-2 chain
C: Hemoglobin alpha-1 chain
D: Hemoglobin beta-2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8878
ポリマ－63,4214
非ポリマー2,4664
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.302, 84.986, 121.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA1 - 1422 - 143
21ARGARGCC1 - 1422 - 143
12ALAALABB16 - 12916 - 129
22ALAALADD16 - 12916 - 129

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin alpha-1 chain


分子量: 15625.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perca flavescens (魚類) / 参照: UniProt: A8HTG8, UniProt: D0VWV2*PLUS
#2: タンパク質 Hemoglobin beta-2 chain


分子量: 16085.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perca flavescens (魚類) / 参照: UniProt: D0VWV3*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 296 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4K, Hepes, pH 7.0, Batch, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→69.007 Å / Num. all: 43714 / Num. obs: 43714 / % possible obs: 96.3322 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 15.096
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 4.027 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OUU

1ouu


解像度: 1.9→69.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 4.633 / SU ML: 0.141 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29717 2327 5.1 %RANDOM
Rwork0.24298 ---
obs0.24573 43714 96.33 %-
all-43714 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20 Å20 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→69.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 172 219 4867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8092.0686533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8875572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.36524.022184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.94715773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9631516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.22545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.23340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3410.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7822934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.03644603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.02762126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.58181922
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A564tight positional0.080.05
2B456tight positional0.070.05
1A532medium positional0.530.5
2B413medium positional0.370.5
1A564tight thermal0.380.5
2B456tight thermal0.340.5
1A532medium thermal1.722
2B413medium thermal1.792
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 168 -
Rwork0.253 3128 -
obs--94.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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