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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpx
タイトルStructural basis of prospero-DNA interaction; implications for transcription regulation in developing cells
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
  • Protein prospero
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION/DNA / homeodomain / protein-DNA binding / prospero / neural cell development / TRANSCRIPTION REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of R7 cell differentiation / asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / dendrite guidance / ganglion mother cell fate determination / R7 cell fate commitment / cell dedifferentiation / male courtship behavior / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation / asymmetric neuroblast division ...regulation of R7 cell differentiation / asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / dendrite guidance / ganglion mother cell fate determination / R7 cell fate commitment / cell dedifferentiation / male courtship behavior / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation / asymmetric neuroblast division / neuroblast differentiation / negative regulation of axonogenesis / axonogenesis involved in innervation / apical cortex / glial cell differentiation / peripheral nervous system development / regulation of protein localization to nucleus / regulation of DNA-binding transcription factor activity / G1 to G0 transition / regulation of neuron differentiation / negative regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of neuroblast proliferation / dendrite morphogenesis / axon development / cell fate commitment / neuroblast proliferation / synapse assembly / axonogenesis / axon guidance / central nervous system development / brain development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular protein localization / sensory perception of taste / regulation of gene expression / cell cortex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Homeo-prospero domain / Homeo-prospero domain / Homeo-prospero domain superfamily / Prospero homeodomain family / Homeo-prospero domain / Homeo-Prospero domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Homeobox protein prospero
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yousef, M.S. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of Prospero-DNA Interaction: Implications for Transcription Regulationin Developing Cells.
著者: Yousef, M.S. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the DNA binding region of prospero reveals a novel homeo-prospero domain.
著者: Ryter, J.M. / Doe, C.Q. / Matthews, B.W.
履歴
登録2004年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'
A: Protein prospero


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6333
ポリマ－25,6333
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.708, 44.708, 226.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*G)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*T)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Protein prospero


分子量: 19543.400 Da / 分子数: 1 / Fragment: HOMEO-PROSPERO DOMAIN (RESIDUES 1245-1401) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pros / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29617
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 6354 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 317 -RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 5532 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 404 0 15 1659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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