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- PDB-1yqh: Structure of domain of unknown function DUF77 from Bacillus cereus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yqh
タイトルStructure of domain of unknown function DUF77 from Bacillus cereus
要素IG hypothetical 16092
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Bacillus cereus / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Thiamine-binding protein / : / Thiamine-binding protein / Alpha-Beta Plaits - #930 / MTH1187/YkoF-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / IG hypothetical 16092
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of domain of unknown function DUF77 from Bacillus cereus
著者: Cuff, M.E. / Quartey, P. / Zhou, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2005年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG hypothetical 16092
B: IG hypothetical 16092


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4432
ポリマ－24,4432
非ポリマー00
水5,260292
1
A: IG hypothetical 16092
B: IG hypothetical 16092

A: IG hypothetical 16092
B: IG hypothetical 16092


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8854
ポリマ－48,8854
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9860 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.716, 55.175, 49.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-257-

HOH

21B-191-

HOH

詳細UNKNOWN: It is likely a homotetramer. The asymmetric unit contains a dimer,(x,y,z). To generate the tetramer, add the crystallographic dimer (1-x,y,1-z).

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要素

#1: タンパク質 IG hypothetical 16092 / DUF77


分子量: 12221.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
生物種: Bacillus cereus / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: IG hypothetical 16092 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81IG4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, Tris-HCL, MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931,0.97947
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月22日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979471
反射解像度: 1.7→43 Å / Num. all: 18421 / Num. obs: 18421 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.72→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 59.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.553 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.119
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20062 945 5.1 %RANDOM
Rwork0.16204 ---
all0.16402 18420 --
obs0.16402 17475 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20.16 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1595 0 0 292 1887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.9522305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2655219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.82425.94979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14115307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.673158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.51091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19421745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2353674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5094.5560
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 33 -
Rwork0.188 829 -
obs--59.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.1599 Å / Origin y: 22.7136 Å / Origin z: 21.4395 Å
111213212223313233
T-0.0258 Å2-0.0003 Å2-0.0036 Å2--0.0174 Å20.0057 Å2---0.0211 Å2
L0.4458 °20.0024 °2-0.0483 °2-0.4286 °20.1571 °2--0.2066 °2
S0.0024 Å °0.0015 Å °-0.0017 Å °-0.0081 Å °-0.0118 Å °0.0508 Å °-0.0003 Å °-0.0018 Å °0.0093 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 1001 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 1015 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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