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- PDB-1xpw: Solution NMR Structure of human protein HSPCO34. Northeast Struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpw
タイトルSolution NMR Structure of human protein HSPCO34. Northeast Structural Genomics Target HR1958
要素LOC51668 protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / gene PP25 / locus LOC51668 / C1orf41 / homo sapiens / NESGC cluster id 3237 / target HR1958 / APC10-related protein / Northeast Structural Genomics Consortium / protein structure initiative / PSI / jellyroll / Beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / left/right axis specification / ciliary tip / Intraflagellar transport / smoothened signaling pathway / cilium assembly / kidney development / skeletal system development / lung development ...intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / left/right axis specification / ciliary tip / Intraflagellar transport / smoothened signaling pathway / cilium assembly / kidney development / skeletal system development / lung development / protein transport / heart development / spermatogenesis / cell differentiation / cilium / centrosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 25 / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intraflagellar transport protein 25 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / XPLOR SIMULATED ANNEALING, CNS WATER REFINEMENT
データ登録者Ramelot, T.A. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Improving NMR protein structure quality by Rosetta refinement: a molecular replacement study.
著者: Ramelot, T.A. / Raman, S. / Kuzin, A.P. / Xiao, R. / Ma, L.C. / Acton, T.B. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Baker, D. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2004年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 400COMPOUND THIS PROTEIN HAS STOICHIOMETRIC CALCIUM BOUND. CALCIUM COORDINATION COULD NOT BE ...COMPOUND THIS PROTEIN HAS STOICHIOMETRIC CALCIUM BOUND. CALCIUM COORDINATION COULD NOT BE DETERMINED, BUT IS CONSISTENT WITH PDB ENTRY 1TVG

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOC51668 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4431
ポリマ－17,4431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 LOC51668 protein / HSPC034


分子量: 17442.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PP25 / プラスミド: PET14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (LAMDA DE3) PMGK / 参照: UniProt: Q9Y547

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
14213C HSQC
1534D 13C-separated NOESY
163H/D exchange

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-15N,13C protein, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02% NaN3, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM U-15N,13C protein, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02% NaN3, 100% D2O100% D2O
31 mM U-15N,5%-13C protein, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02% NaN3, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian UNITYVarianUNITY6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipenmrpipe.linuxDelaglio解析
Felix98Accelrys解析
AutoStructure2.1.0Y.J. Huang, G.T. Montelioneデータ解析
X-PLORXPLOR-NIH-2.0.6C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra, G.M. Clore構造決定
CNS1.1Brunger精密化
Sparky3.106T. Goddard, UCSFデータ解析
精密化手法: XPLOR SIMULATED ANNEALING, CNS WATER REFINEMENT / ソフトェア番号: 1
詳細: The unstructured 10 residue N-terminal His tag (MGHHHHHHSH) was not included in the structure calculation.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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