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- PDB-1su0: Crystal structure of a hypothetical protein at 2.3 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1su0
タイトルCrystal structure of a hypothetical protein at 2.3 A resolution
要素NifU like protein IscU
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NifU / IscU / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, J. / Oganesyan, N. / Shin, D.-H. / Jancarik, J. / Pufan, R. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structural characterization of an iron-sulfur cluster assembly protein IscU in a zinc-bound form.
著者: Liu, J. / Oganesyan, N. / Shin, D.H. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2004年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NifU like protein IscU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2302
ポリマ－17,1641
非ポリマー651
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.014, 72.014, 112.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 NifU like protein IscU


分子量: 17164.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A1G2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.9 M Sodium Malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9794, 0.9796, 0.9600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月29日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.961
反射解像度: 2.3→60 Å / Num. all: 7056 / Num. obs: 6915 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 10.845 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25582 320 4.7 %RANDOM
Rwork0.21981 ---
obs0.2215 6457 98.27 %-
all-6570 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1026 0 1 22 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.9531406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84832207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6895135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.290.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.5675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01821077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5633367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.364.5329
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.385 11
Rwork0.372 399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
128.96710.61079.981814.4788-4.061921.71940.20310.92681.10320.2503-0.2537-1.42680.02631.02860.05060.11630.120.15030.12740.14870.583130.510229.435715.0012
211.08720.4437-0.376212.191-3.60513.5315-0.33381.1835-0.2446-0.78620.53170.72111.5469-1.8435-0.19790.5201-0.26480.03130.93550.25810.205211.723527.66875.3023
39.61744.8607-6.00387.1506-5.173414.20840.15590.73740.8380.12280.41070.59440.1209-0.9301-0.56660.0917-0.01330.05570.3570.2310.255613.932831.283218.1416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BA7 - 207 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2BA21 - 6421 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3BA65 - 14165 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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