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- PDB-1xp3: Crystal Structure of Endonuclease IV (BA4508) from Bacillus anthr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xp3
タイトルCrystal Structure of Endonuclease IV (BA4508) from Bacillus anthracis at 2.57A Resolution.
要素endonuclease IV
キーワードHYDROLASE / endonuclease IV / nfo / DNA replication / DNA recombination / DNA repair / SPINE / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel ...AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable endonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Fogg, M.J. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Endonuclease IV (BA4508) from Bacillus anthracis at 2.57A Resolution.
著者: Fogg, M.J. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endonuclease IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4206
ポリマ－34,0321
非ポリマー3885
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.886, 55.390, 64.972
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 endonuclease IV / Endodeoxyribonuclease IV


分子量: 34031.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: nfo / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q81LV1, deoxyribonuclease IV
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 5000, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月30日 / 詳細: Rh coated Si mirror
放射モノクロメーター: Si monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 10633 / Num. obs: 10633 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 964 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QTW

1qtw


解像度: 2.57→22.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 16.749 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.917 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22808 532 4.8 %RANDOM
Rwork0.15117 ---
all0.15478 10606 --
obs0.15478 10606 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å2-0.12 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→22.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 13 210 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.9623188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93935035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2825298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.33625.327107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1315432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.146159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.22379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1890.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6561.51893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1131.5615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83722370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46831001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3084.5817
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.636 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 36 -
Rwork0.232 754 -
obs-532 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3681-0.0411.47020.61261.6034.65830.40520.4394-0.4804-0.2391-0.161-0.05210.62560.086-0.24420.19120.0208-0.02430.0308-0.05050.0143-33.906-11.0126.856
22.5709-0.99641.2232.3056-1.29214.07640.20510.4771-0.0351-0.3044-0.2222-0.28820.34060.46270.0172-0.02190.04460.0592-0.08980.007-0.0168-18.366-6.4719.252
33.49730.0722-0.14811.40440.3221.95490.11950.18640.3091-0.1639-0.076-0.0724-0.141-0.1176-0.0434-0.08010.00870.0486-0.16830.0342-0.1034-33.8575.15722.683
46.5732-0.83711.12187.04171.74878.453-0.2362-0.193-0.59240.01130.35030.72210.8462-1.1445-0.11410.0349-0.1062-0.02890.21250.0059-0.0432-52.534-6.57317.209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3A147 - 261
4X-RAY DIFFRACTION4A262 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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