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- PDB-2onb: Human Thymidylate Synthase at low salt conditions with PDPA bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2onb
タイトルHuman Thymidylate Synthase at low salt conditions with PDPA bound
要素Thymidylate synthetase
キーワードTRANSFERASE / diphosphonic acid / FdUMP / ZD9331 / heteroinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil metabolic process / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / response to vitamin A / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / cartilage development ...uracil metabolic process / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / response to vitamin A / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / cartilage development / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / response to glucocorticoid / response to cytokine / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / regulation of translation / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROPANE-1,3-DIYLBIS(PHOSPHONIC ACID) / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lovelace, L.L. / Gibson, L.M. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Cooperative Inhibition of Human Thymidylate Synthase by Mixtures of Active Site Binding and Allosteric Inhibitors
著者: Lovelace, L.L. / Gibson, L.M. / Lebioda, L.
履歴
登録2007年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4304
ポリマ－36,0671
非ポリマー3623
水1,53185
1
A: Thymidylate synthetase
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8598
ポリマ－72,1352
非ポリマー7246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area5870 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.690, 95.690, 82.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthetase


分子量: 36067.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Y97, UniProt: P04818*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-7PA / PROPANE-1,3-DIYLBIS(PHOSPHONIC ACID) / 1,3-プロパンジイルビスホスホン酸


分子量: 204.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10O6P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 mM ammonium sulfate, 30 mM 40% PEG 4K, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 mM 2-ME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97251
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月20日
放射モノクロメーター: two passes, half degree / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 12337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.72 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.817.30.33412260.7491100
2.8-2.9118.60.27311970.8251100
2.91-3.0418.90.2312070.8561100
3.04-3.218.90.17812291.0231100
3.2-3.418.90.1512161.3221100
3.4-3.6618.60.12712201.8411100
3.66-4.0318.40.11212352.2771100
4.03-4.6218.10.09112342.7191100
4.62-5.81180.08712502.6461100
5.81-5016.70.07313232.945199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YPV

1ypv


解像度: 2.7→41.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / FOM work R set: 0.814 / Data cutoff high absF: 211861.516 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1253 10.3 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs-12144 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.34 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.74 Å20.76 Å20 Å2
2---5.74 Å20 Å2
3---11.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2097 0 20 85 2202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.992.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.7-2.740.373350.282408443
2.74-2.780.388450.301419464
2.78-2.820.392430.267431474
2.82-2.860.336490.288412461
2.86-2.910.358470.278421468
2.91-2.960.265500.245421471
2.96-3.010.38440.254438482
3.01-3.070.315480.269426474
3.07-3.130.295500.252428478
3.13-3.20.283470.249430477
3.2-3.280.34400.24440480
3.28-3.360.249520.222424476
3.36-3.450.292540.227445499
3.45-3.550.219380.225446484
3.55-3.660.275450.217436481
3.66-3.80.284550.222434489
3.8-3.950.255560.21443499
3.95-4.130.218600.19425485
4.13-4.340.217560.155454510
4.34-4.620.195500.169435485
4.62-4.970.239530.173440493
4.97-5.470.307560.229448504
5.47-6.270.233680.249436504
6.27-7.890.262620.246454516
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramHicupprotein.topHIcup
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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