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- PDB-1xod: Crystal structure of X. tropicalis Spred1 EVH-1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xod
タイトルCrystal structure of X. tropicalis Spred1 EVH-1 domain
要素Spred1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Spred / Sprouty / EVH1 / Peptide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / regulation of signal transduction / phosphatase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 ...c-Kit-binding domain / SPRE, EVH1 domain / KBD domain profile. / Sprouty / Sprouty protein (Spry) / Sprouty (SPR) domain profile. / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sprouty-related, EVH1 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Harmer, N.J. / Sivak, J.M. / Amaya, E. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: 1.15A Crystal structure of the X. tropicalis Spred1 EVH1 domain suggests a fourth distinct peptide-binding mechanism within the EVH1 family
著者: Harmer, N.J. / Sivak, J.M. / Amaya, E. / Blundell, T.L.
履歴
登録2004年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spred1
B: Spred1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0333
ポリマ－25,9412
非ポリマー921
水6,575365
1
A: Spred1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9711
ポリマ－12,9711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spred1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0632
ポリマ－12,9711
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.811, 38.193, 79.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Spred1


分子量: 12970.538 Da / 分子数: 2 / 断片: EVH-1 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: Spred1 / プラスミド: pETG-10a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q66JG9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, potassium fluoride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: RH COATED SILICA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→79 Å / Num. all: 68977 / Num. obs: 68977 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 7.84 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique all: 3330 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1EVH, 1I7A, 1QC6

1evh

1i7a

1qc6


解像度: 1.15→79.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / SU B: 0.389 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 3471 -random
Rwork0.154 ---
all0.155 68977 --
obs0.15538 68977 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.283 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.17 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→79.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1694 0 6 365 2065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.9412430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83333871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1475220
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.22065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4870.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3240.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.941.51110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53621796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7523688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.684.5634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.94721798
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.2172365
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.85521769
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.177 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 261 -
Rwork0.167 4829 -
obs-4568 94.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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