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- PDB-1xoc: The structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xoc
タイトルThe structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
要素
  • Nonapeptide VDSKNTSSW
  • Oligopeptide-binding protein appA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / oligopeptide / AppA / transport / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide-binding protein AppA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Brannigan, J.A. / Wright, L. / Vagin, A.A. / Wilkinson, A.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Brannigan, J.A. / Wright, L. / Vagin, A.A. / Wilkinson, A.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization of the oligopeptide-binding protein AppA from Bacillus subtilis.
著者: Wright, L. / Blagova, E. / Levdikov, V.M. / Brannigan, J.A. / Pattenden, R.J. / Chambers, J. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2004年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年9月10日Group: Database references
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligopeptide-binding protein appA
B: Nonapeptide VDSKNTSSW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,40617
ポリマ－60,4252
非ポリマー98115
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-305 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
2
A: Oligopeptide-binding protein appA
B: Nonapeptide VDSKNTSSW
ヘテロ分子

A: Oligopeptide-binding protein appA
B: Nonapeptide VDSKNTSSW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,81234
ポリマ－120,8504
非ポリマー1,96230
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-716 kcal/mol
Surface area40160 Å2
手法PISA
3
A: Oligopeptide-binding protein appA
B: Nonapeptide VDSKNTSSW
ヘテロ分子

A: Oligopeptide-binding protein appA
B: Nonapeptide VDSKNTSSW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,81234
ポリマ－120,8504
非ポリマー1,96230
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-708 kcal/mol
Surface area39700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.955, 90.779, 54.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Oligopeptide-binding protein appA / Oligopeptide ABC transporter


分子量: 59400.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: appA / プラスミド: pMALP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P42061
#2: タンパク質・ペプチド Nonapeptide VDSKNTSSW


分子量: 1024.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, zinc acetate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 88121 / Num. obs: 88121 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6467 / % possible all: 72.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換
開始モデル: pdb entry 1DPE

1dpe


解像度: 1.55→30.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.343 / SU ML: 0.061 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20593 4411 5 %RANDOM
Rwork0.17552 ---
all0.17703 83608 --
obs0.17703 83608 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4164 0 15 441 4620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9635793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1238857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0085511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50825.981209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87515796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.466158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.23813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.215
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1490.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2650.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0481.53340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2181.51039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2624138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45232126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4624.51655
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.587 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 274 -
Rwork0.289 5562 -
obs-4411 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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