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- PDB-1xo5: Crystal structure of CIB1, an EF-hand, integrin and kinase-bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xo5
タイトルCrystal structure of CIB1, an EF-hand, integrin and kinase-binding protein
要素Calcium and integrin-binding protein 1
キーワードcalcium-binding protein / Calcium and Integrin binding / EF-hand / Kinase Interacting Protein / calmyrin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of catalytic activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of catalytic activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / platelet formation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of cell-matrix adhesion / spermatid development / regulation of cell division / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein targeting to membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to ischemia / cell periphery / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to nerve growth factor stimulus / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / small GTPase binding / ruffle membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to tumor necrosis factor / double-strand break repair / lamellipodium / regulation of cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of neuron projection development / growth cone / positive regulation of cell growth / angiogenesis / vesicle / perikaryon / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / cell adhesion / nuclear body / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / axon / negative regulation of cell population proliferation / cell division / neuronal cell body / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / calcium ion binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium and integrin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Gentry, H.R. / Singer, A.U. / Betts, L. / Yang, C. / Ferrara, J.D. / Parise, L.V. / Sondek, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of CIB1 Delineates a New Family of EF-hand-containing Proteins
著者: Gentry, H.R. / Singer, A.U. / Betts, L. / Yang, C. / Ferrara, J.D. / Sondek, J. / Parise, L.V.
履歴
登録2004年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium and integrin-binding protein 1
B: Calcium and integrin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,28210
ポリマ－41,9612
非ポリマー3218
水7,152397
1
A: Calcium and integrin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1415
ポリマ－20,9801
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium and integrin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1415
ポリマ－20,9801
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.663, 51.009, 77.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Calcium and integrin-binding protein 1 / Calmyrin / DNA-PKcs interacting protein / Kinase interacting protein / KIP / CIB / SNK interacting ...Calmyrin / DNA-PKcs interacting protein / Kinase interacting protein / KIP / CIB / SNK interacting protein 2-28 / SIP2-28 / CIB1


分子量: 20980.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIB1, PRKDCIP, KIP, CIB / プラスミド: pProEX HTc (Invitrogen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99828
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20 mM Bis-Tris-propane (BTP), 300 mM calcium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→40 Å / Num. obs: 29442 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.99→2.07 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2370 / Rsym value: 0.023 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→40.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.236 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25672 1430 5.1 %RANDOM
Rwork0.21209 ---
all0.21437 ---
obs0.214 26651 95.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2781 0 8 397 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.051.9763821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78535989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2565340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12424.286147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46815509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4271523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.22912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2560.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5121.51771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1041.5682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87522804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.27431145
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9744.51017
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 70 -
Rwork0.244 1534 -
obs-1400 74.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2474-1.64550.41921.40580.11770.5388-0.1481-0.2244-0.07030.16760.169-0.26240.03030.1183-0.0209-0.2296-0.0031-0.0075-0.2162-0.0259-0.132818.96290.02173.4921
21.0409-0.9776-1.79042.0312.95666.0907-0.0177-0.5650.00580.68750.1898-0.0273-0.0430.0844-0.17210.24260.06740.03630.0870.0057-0.1401-0.435932.462531.521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 1914 - 183
2X-RAY DIFFRACTION1AC11
3X-RAY DIFFRACTION1AG51
4X-RAY DIFFRACTION1AE31
5X-RAY DIFFRACTION1AI71
6X-RAY DIFFRACTION2BB12 - 1914 - 183
7X-RAY DIFFRACTION2BD21
8X-RAY DIFFRACTION2BH61
9X-RAY DIFFRACTION2BF41
10X-RAY DIFFRACTION2BJ81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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