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万見
- PDB-1xo1: T5 5'-EXONUCLEASE MUTANT K83A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xo1
タイトルT5 5'-EXONUCLEASE MUTANT K83A
要素5'-EXONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / EXONUCLEASE / NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / viral DNA genome replication ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA exonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T5 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ceska, T.A. / Suck, D. / Sayers, J.R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Mutagenesis of conserved lysine residues in bacteriophage T5 5'-3' exonuclease suggests separate mechanisms of endo-and exonucleolytic cleavage.
著者: Garforth, S.J. / Ceska, T.A. / Suck, D. / Sayers, J.R.
#1: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1998
タイトル: Structure-Specific DNA Cleavage by 5' Nucleases
著者: Ceska, T.A. / Sayers, J.R.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: A Helical Arch Allowing Single-Stranded DNA to Thread Through T5 5'-Exonuclease
著者: Ceska, T.A. / Sayers, J.R. / Stier, G. / Suck, D.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Properties of Overexpressed Phage T5 D15 Exonuclease. Similarities with Escherichia Coli DNA Polymerase I 5'-3' Exonuclease
著者: Sayers, J.R. / Eckstein, F.
履歴
登録1998年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-EXONUCLEASE
B: 5'-EXONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8682
ポリマ－66,8682
非ポリマー00
水5,693316
1
A: 5'-EXONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4341
ポリマ－33,4341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-EXONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4341
ポリマ－33,4341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.890, 76.810, 120.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.0025, 0.0074), (-0.0027, -0.9994, -0.0347), (0.0073, -0.0347, 0.9994)
ベクター: 33.2544, 38.007, 0.3668)

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要素

#1: タンパク質 5'-EXONUCLEASE / EC 3.1.11.3 / 5'-NUCLEASE


分子量: 33433.766 Da / 分子数: 2 / 変異: K83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T5 (ファージ)
属: T5-like viruses / 株: M72 / 遺伝子: D15 / 遺伝子 (発現宿主): D15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M72
参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化pH: 5.4 / 詳細: pH 5.4
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ceska, T.A., (1993) J.Mol.Biol., 233, 179. / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
335 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
425 mMpotassium phosphate1droppH7.5
51 mMEDTA1drop
61 mMdithiothreitol1drop
7100 mM1dropKCl
85 %(v/v)glycerol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 21915 / Num. obs: 21915 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 8.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 158564 / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EXN

1exn


解像度: 2.5→6 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 1941 10 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs-19728 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 0 316 4266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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