PDB-1xnf: Crystal structure of E.coli TPR-protein NlpI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xnf

タイトル

Crystal structure of E.coli TPR-protein NlpI

要素

Lipoprotein nlpI

キーワード

Structural genomics / Unknown function / NlpI / TPR / tetratricopeptide / lipoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

cell cycle / peptidoglycan metabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cell division / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Wilson, C.G. / Kajander, T. / Regan, L.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of NlpI. A prokaryotic tetratricopeptide repeat protein with a globular fold.
著者: Wilson, C.G. / Kajander, T. / Regan, L.

履歴

登録	2004年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xnf.cif.gz	126.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xnf.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tkk-1 3my5-2 3bhu-2 4cfu-2 1r0v-2 7c3k-2 4bco-2 1ogu-2 4bcp-2 3bht-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (5)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein nlpI

B: Lipoprotein nlpI

ヘテロ分子

63.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.351, 81.654, 136.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	29 - 52	10 - 33
2	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	29 - 52	10 - 33
3	2	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	62 - 141	43 - 122
4	2	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	62 - 141	43 - 122
5	3	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	153 - 190	134 - 171
6	3	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	153 - 190	134 - 171
7	4	SER	SER	LEU	LEU	A	A	193 - 281	174 - 262
8	4	SER	SER	LEU	LEU	B	B	193 - 281	174 - 262

#1: タンパク質	Lipoprotein nlpI 分子量: 31679.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nlpi / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39833, UniProt: P0AFB1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, MgCl2, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.9785, 0.9795, 0.9500

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月18日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9785	1
2	0.9795	1
3	0.95	1

反射

解像度: 1.98→40 Å / Num. all: 91502 / Num. obs: 48199 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 40.4

反射シェル

解像度: 1.98→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.98→39.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.031 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20577	2418	5 %	RANDOM
R_work	0.16937	-	-	-
obs	0.17122	45781	94.64 %	-
all	-	45781	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→39.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4155	0	16	436	4607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.854	1.961	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.075	3	8785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.284	5	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.191	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.675	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.456	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.639	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.174	1.5	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.109	2	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.519	3	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.212	4.5	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3532 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.26	5
loose thermal	1.5	10

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.208	114
R_work	0.193	2246

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2866	0.1536	0.0864	1.1205	0.1762	0.8846	0.0778	-0.0652	-0.0215	0.1354	-0.0623	-0.0556	0.0806	0.1245	-0.0155	0.0165	0.0073	-0.0232	0.092	0.0304	0.0511	-0.467	41.035	14.181
2	0.6403	-0.14	0.3561	0.9167	-0.3602	1.2314	0.067	0.1132	-0.0754	-0.1547	-0.0208	0.0044	0.2161	0.0862	-0.0462	0.0543	0.0168	-0.013	0.0721	-0.0277	0.0539	-11.22	36.406	-16.547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	29 - 283	10 - 264
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	25 - 282	6 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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