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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xnf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli TPR-protein NlpI | ||||||
要素 | Lipoprotein nlpI | ||||||
キーワード | Structural genomics (構造ゲノミクス) / Unknown function / NlpI / TPR / tetratricopeptide / lipoprotein (リポタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan metabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein homodimerization activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Wilson, C.G. / Kajander, T. / Regan, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2005 タイトル: The crystal structure of NlpI. A prokaryotic tetratricopeptide repeat protein with a globular fold. 著者: Wilson, C.G. / Kajander, T. / Regan, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xnf.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xnf.ent.gz | 99.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xnf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31679.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nlpi / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39833, UniProt: P0AFB1*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, MgCl2, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9785, 0.9795, 0.9500 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月18日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.98→40 Å / Num. all: 91502 / Num. obs: 48199 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 40.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 83.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.98→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.031 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.004 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→39.84 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3532 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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