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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xmv | ||||||
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タイトル | E. coli RecA in complex with MgADP | ||||||
![]() | RecA protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / RecA / homologous recombination / DNA repair / ATPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA polymerase V complex / homologous recombination / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / cell motility / single-stranded DNA binding ...DNA polymerase V complex / homologous recombination / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / response to ionizing radiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / cell motility / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bell, C.E. / Xing, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Escherichia coli RecA in Complex with MgADP and MnAMP-PNP(,). 著者: Xing, X. / Bell, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a 6(1)-symmetric helical filament of undefined length |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38298.559 Da / 分子数: 1 / 断片: RecA with Gly-Ser-His-Met at N-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.134 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: ethylene glycol, MES, Tris-HCl, DTT, NaF, MgCl2, ADP, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24.14 Å / Num. all: 37221 / Num. obs: 36969 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Limit h max: 45 / Limit h min: 0 / Limit k max: 45 / Limit k min: 0 / Limit l max: 43 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1543414.47 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 62.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 3737 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2REB 解像度: 1.9→24.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Cross-validation method: CNS Parameter files: protein_rep.param ion.param water_rep.param adp_hicup.param cis_145.param protein.top water.top ion.top adp_hicup.top
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 73.6878 Å2 / ksol: 0.418671 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.38 Å2 / Biso mean: 39.15 Å2 / Biso min: 14.61 Å2
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Refine Biso |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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