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- PDB-1xmi: Crystal structure of human F508A NBD1 domain with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xmi
タイトルCrystal structure of human F508A NBD1 domain with ATP
要素Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / CFTR / NBD1 domain / F508A / cystic fibrosis / nucleotide-binding domain 1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / membrane hyperpolarization / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / vesicle docking involved in exocytosis / chloride channel regulator activity / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / chloride channel activity / RHOQ GTPase cycle / cholesterol biosynthetic process / positive regulation of exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / isomerase activity / response to endoplasmic reticulum stress / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ABC-family proteins mediated transport / recycling endosome / transmembrane transport / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Zhao, X. / Wang, C. / Sauder, J.M. / Rooney, I. / Noland, B.W. / Lorimer, D. / Kearins, M.C. / Conners, K. / Condon, B. ...Lewis, H.A. / Zhao, X. / Wang, C. / Sauder, J.M. / Rooney, I. / Noland, B.W. / Lorimer, D. / Kearins, M.C. / Conners, K. / Condon, B. / Maloney, P.C. / Guggino, W.B. / Hunt, J.F. / Emtage, S. / Structural GenomiX
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Impact of the delta-F508 Mutation in First Nucleotide-binding Domain of Human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator on Domain Folding and Structure
著者: Lewis, H.A. / Zhao, X. / Wang, C. / Sauder, J.M. / Rooney, I. / Noland, B.W. / Lorimer, D. / Kearins, M.C. / Conners, K. / Condon, B. / Maloney, P.C. / Guggino, W.B. / Hunt, J.F. / Emtage, S.
履歴
登録2004年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,04715
ポリマ－162,3895
非ポリマー2,65710
水12,683704
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
D: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子

B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
E: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,09430
ポリマ－324,77910
非ポリマー5,31520
水18010
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation8_557x+1/2,-y+1/2,-z+21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_546-x+1/2,y-1/2,-z+3/21
Buried area44420 Å2
ΔGint-402 kcal/mol
Surface area102340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.461, 154.022, 136.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / E.C.3.6.3.49 / CFTR / cAMP- dependent chloride channel


分子量: 32477.889 Da / 分子数: 5 / 断片: nucleotide binding domain one / 変異: F508A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13569, EC: 3.6.3.49
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 400, glycerol, ethylene glycol, tris, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→27.524 Å / Num. all: 71899 / Num. obs: 71899 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.017 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R0X

1r0x


解像度: 2.25→27.2 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 3582 5 %
Rwork0.212 --
all0.232 --
obs0.232 71897 -
溶媒の処理溶媒モデル: Mask bulk solvent correction
原子変位パラメータBiso mean: 32.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.232 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.432 Å2
Refine Biso クラス: all / Treatment: isotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→27.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10364 0 160 704 11228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.73
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.06
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.469
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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