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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xm9 | ||||||
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タイトル | Structure of the armadillo repeat domain of plakophilin 1 | ||||||
![]() | plakophilin 1 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / armadillo repeat | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of mRNA catabolic process / intermediate filament bundle assembly / intermediate filament binding / structural constituent of skin epidermis / Keratinization / messenger ribonucleoprotein complex / desmosome / Formation of the cornified envelope / lamin binding / cornified envelope ...negative regulation of mRNA catabolic process / intermediate filament bundle assembly / intermediate filament binding / structural constituent of skin epidermis / Keratinization / messenger ribonucleoprotein complex / desmosome / Formation of the cornified envelope / lamin binding / cornified envelope / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / cell-cell junction assembly / intermediate filament / ficolin-1-rich granule membrane / adherens junction / cell-cell adhesion / cell adhesion / cadherin binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choi, H.J. / Weis, W.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the armadillo repeat domain of plakophilin 1. 著者: Choi, H.J. / Weis, W.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50489.098 Da / 分子数: 1 / 断片: Armadillo repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: PEG 3350, Tris-Cl, potassium formate, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48 Å / Num. all: 14705 / Num. obs: 13069 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 48.7 Å2 / Rsym value: 0.055 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 73 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.2814 Å2 / ksol: 0.287631 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |