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- PDB-1xm8: X-RAY STRUCTURE OF GLYOXALASE II FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xm8
タイトルX-RAY STRUCTURE OF GLYOXALASE II FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT2G31350
要素glyoxalase II
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT2G31350 / METALLO-HYDROLASE / ZINC/IRON BINUCLEAR CENTER / B-LACTAMASE FOLD / THIOESTER HYDROLASE / mitochondrial isozyme / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / iron ion binding / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyacylglutathione hydrolase / Hydroxyacylglutathione hydrolase, C-terminal domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase, MBL domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Hydroxyacylglutathione hydrolase / Hydroxyacylglutathione hydrolase, C-terminal domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase, MBL domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / Hydroxyacylglutathione hydrolase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural studies on a mitochondrial glyoxalase II.
著者: Marasinghe, G.P. / Sander, I.M. / Bennett, B. / Periyannan, G. / Yang, K.W. / Makaroff, C.A. / Crowder, M.W.
履歴
登録2004年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glyoxalase II
B: glyoxalase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9119
ポリマ－56,4422
非ポリマー4697
水9,854547
1
A: glyoxalase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5095
ポリマ－28,2211
非ポリマー2874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: glyoxalase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4024
ポリマ－28,2211
非ポリマー1813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.494, 58.782, 69.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細BIOLOGICAL UNIT IS A MOMOMER, TWO COPIES IN THE ASYMMETRIC UNIT

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 glyoxalase II


分子量: 28221.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g31350 / プラスミド: pGLX2-5/pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta
参照: GenBank: 20465675, UniProt: Q9SID3*PLUS, hydroxyacylglutathione hydrolase

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非ポリマー , 5種, 554分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 0.100 SODIUM ACETATE, 16 PERCENT PEG 4K, 10 PERCENT PEG 400, 0.200 GLYCINE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 4.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL SI- MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.742→33.72 Å / Num. obs: 51949 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / % possible all: 92.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.759 Å / D res low: 40 Å / FOM : 0.2 / 反射: 47771
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
137.21529.31630.56ZN15.21.59
243.31231.62212.415ZN8.31.28
345.93531.56814.089ZN16.41.38
440.28430.22530.796ZN21.61.49
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
6.37-400.392381
4.01-6.370.324184
3.13-4.010.315307
2.65-3.130.286172
2.34-2.650.216870
2.12-2.340.157423
1.95-2.120.117788
1.82-1.950.087646
Phasing dmFOM : 0.61 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.66 / 反射: 47772 / Reflection acentric: 46028 / Reflection centric: 1744
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5-32.9690.910.910.8322652012253
3.1-50.90.910.8568346453381
2.5-3.10.780.780.7483698047322
2.2-2.50.670.670.682597997262
1.9-2.20.480.480.461412013761359
1.8-1.90.250.250.2779257758167

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
ARP/wARP2.06モデル構築
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.924 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 2630 5.1 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.142 49295 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.442 Å20 Å20.012 Å2
2--0.206 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4027 0 4 562 4593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.9725573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88438743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2495506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79424.293184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11815747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9041523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.23876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.28423270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.37921030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63344138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.97661780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.47781435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.03332
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.92732
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 192 -
Rwork0.179 3532 -
obs--95.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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