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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xlr | ||||||
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タイトル | CHORISMATE LYASE WITH INHIBITOR VANILLATE | ||||||
要素 | Chorismate--pyruvate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / secondary inhibitor site | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chorismate lyase / chorismate lyase activity / pyruvate biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Gallagher, D.T. / Smith, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2006 タイトル: Structural analysis of ligand binding and catalysis in chorismate lyase. 著者: Smith, N. / Roitberg, A.E. / Rivera, E. / Howard, A. / Holden, M.J. / Mayhew, M. / Kaistha, S. / Gallagher, D.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xlr.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xlr.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xlr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xlr_validation.pdf.gz | 453.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xlr_full_validation.pdf.gz | 460.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xlr_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xlr_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xlr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is a monomer, equal to one asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18649.582 Da / 分子数: 1 / 変異: C14S, C81S, G90A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MUTATIONS: C14S, C81S, G90A / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UbiC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26602, chorismate lyase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG 4000, 80 mM Hepes, 5%(v/v) isopropanol, 20mM vanillate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→20 Å / Num. all: 11533 / Num. obs: 10973 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.05 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1504 / % possible all: 74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→7.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 122521.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.2762 Å2 / ksol: 0.400962 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→7.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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