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- PDB-1xlp: Structure of oxidized C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xlp
タイトルStructure of oxidized C73S putidaredoxin from Pseudomonas putida
要素Putidaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / [2Fe-2S] / ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Putidaredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / rigid body refinement / 解像度: 2 Å
データ登録者Sevrioukova, I.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Redox-dependent structural reorganization in putidaredoxin, a vertebrate-type [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida.
著者: Sevrioukova, I.F.
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putidaredoxin
B: Putidaredoxin
C: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7666
ポリマ－34,2393
非ポリマー5273
水4,612256
1
A: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5892
ポリマ－11,4131
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5892
ポリマ－11,4131
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5892
ポリマ－11,4131
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Putidaredoxin
ヘテロ分子

C: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1774
ポリマ－22,8262
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_763-y+2,-x+1,-z-3/21
Buried area1890 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.220, 66.220, 151.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-197-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putidaredoxin / PDX


分子量: 11412.846 Da / 分子数: 3 / 変異: C73S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camB / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00259, EC: 1.9.3.2
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.36 Å / Num. all: 23647 / Num. obs: 23600 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2190 / Rsym value: 0.674 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body refinement
開始モデル: PDB entry 1oqr

1oqr


解像度: 2→34.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1139 4.8 %random
Rwork0.217 ---
all0.217 23633 --
obs0.217 23600 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Flat Model / Bsol: 46.6 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2381 0 12 256 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 42 4.2 %
Rwork0.283 2190 -
obs-960 98.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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