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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xln | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxidized C73S/C85S putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida | ||||||
![]() | Putidaredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / [2Fe-2S] ferredoxin | ||||||
機能・相同性 | ![]() P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sevrioukova, I.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Redox-dependent Structural Reorganization in Putidaredoxin, a Vertebrate-type [2Fe-2S] Ferredoxin from Pseudomonas putida. 著者: Sevrioukova, I.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11396.780 Da / 分子数: 2 / 変異: C73S, C85S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: Ammonium sulfate, sodium citrate, sodium/potassium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→38.96 Å / Num. all: 13623 / Num. obs: 13405 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1188 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 91.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement 開始モデル: PDB entry 1oqq 解像度: 2.03→38.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 46.8 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→38.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
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