PDB-1xl3: Complex structure of Y.pestis virulence Factors YopN and TyeA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xl3

タイトル

Complex structure of Y.pestis virulence Factors YopN and TyeA

要素

Secretion control protein
protein type A

キーワード

CELL INVASION / yopN / TyeA / Yersinia pestis / type III secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type III secretion system / negative regulation of protein secretion / cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schubot, F.D. / Jackson, M.W. / Penrose, K.J. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Plano, G.V. / Waugh, D.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Three-dimensional structure of a macromolecular assembly that regulates type III secretion in Yersinia pestis.
著者: Schubot, F.D. / Jackson, M.W. / Penrose, K.J. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Plano, G.V. / Waugh, D.S.

履歴

登録	2004年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xl3.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xl3.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xl3_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xl3_full_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示
XML形式データ	1xl3_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	1xl3_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xkpSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ukw-d 3hjc-d 4ypi-4 5ekf-d 5fc8-d 3l5j-2 5w3v-1 6bw9-d 4ypi-3 5klt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Secretion control protein

B: Secretion control protein

C: protein type A

D: protein type A

71 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secretion control protein

C: protein type A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Secretion control protein

D: protein type A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.172, 170.724, 55.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Secretion control protein / Yop4b / LcrE 分子量: 24642.873 Da / 分子数: 2 / 変異: residues 76-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yopN, lcrE / プラスミド: pDest42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 3822072, UniProt: P68640*PLUS
#2: タンパク質	protein type A 分子量: 10844.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: tyeA / プラスミド: pDest42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P16161, UniProt: P69968*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.21 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 40229

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XKP chain A residues 76-269

1xkp

解像度: 2.2→84.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.207 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -1 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25036	1949	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19164	-	-	-
all	0.19461	38535	-	-
obs	0.19461	36265	94.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.988 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→84.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4698	0	0	180	4878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	2.008	6450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.897	3	10335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.712	5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.449	25.314	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.425	15	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.139	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	909
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	4545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.274	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.256	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.316	1.5	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.227	1.5	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.587	2	4657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.74	3	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.293	4.5	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	130	-
R_work	0.224	2420	-
obs	-	-	85.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6741	0.9047	-0.119	1.9514	0.5279	0.8722	-0.1781	0.2045	-0.378	-0.0805	0.1292	-0.3456	0.1145	-0.1729	0.0489	0.0734	-0.0377	0.0555	-0.0238	-0.0327	-0.0983	63.24	37.53	49.123
2	1.3205	1.1916	0.1849	2.3643	-0.1342	0.0962	-0.107	0.1338	0.1449	-0.1963	0.1361	0.1072	0.0035	0.0271	-0.0291	0.0986	-0.0163	0.0223	-0.002	-0.0229	-0.1241	64.206	97.852	43.489
3	2.7445	-0.3649	-1.5531	3.8481	0.4497	3.1221	-0.1273	0.0175	-0.1511	0.0005	-0.0013	0.4606	0.1862	-0.001	0.1286	0.018	0.0032	-0.0285	-0.1013	0.0088	-0.0868	49.46	63.367	53.653
4	2.545	-0.8944	-0.2952	2.2181	0.9924	1.5339	-0.0813	-0.3187	0.14	0.1504	0.1174	-0.1461	0.0926	-0.0498	-0.0361	0.0775	0.0323	-0.0338	0.0512	-0.0593	-0.2014	64.455	70.439	69.049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	78 - 283	3 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	78 - 283	3 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 86	2 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 86	2 - 86

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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