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- PDB-1xk9: Pseudomanas exotoxin A in complex with the PJ34 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xk9
タイトルPseudomanas exotoxin A in complex with the PJ34 inhibitor
要素Exotoxin A
キーワードTRANSFERASE / toxin / ADP-ribosylation / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation elongation / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / symbiont-mediated killing of host cell / nucleotidyltransferase activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P34 / Exotoxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yates, S.P. / Taylor, P.J. / Joergensen, R. / Ferrraris, D. / Zhang, J. / Andersen, G.R. / Merrill, A.R.
引用ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2005
タイトル: Structure-function analysis of water-soluble inhibitors of the catalytic domain of exotoxin A from Pseudomonas aeruginosa
著者: Yates, S.P. / Taylor, P.J. / Joergensen, R. / Ferrraris, D. / Zhang, J. / Andersen, G.R. / Merrill, A.R.
履歴
登録2004年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exotoxin A
B: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5174
ポリマ－46,9262
非ポリマー5912
水7,224401
1
A: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7582
ポリマ－23,4631
非ポリマー2951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7582
ポリマ－23,4631
非ポリマー2951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.040, 78.680, 91.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exotoxin A / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase


分子量: 23463.156 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic fragment, PE24H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PE(delta)5-399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BB101
参照: UniProt: P11439, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-P34 / N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE / PJ-34


分子量: 295.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, DTT, NaAzid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.046 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月20日
放射モノクロメーター: Bent germanium crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.046 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35 Å / Num. all: 24276 / Num. obs: 24276 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 5718 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AER

1aer


解像度: 2.1→35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 1236 random
Rwork0.213 --
all0.214 24316 -
obs0.213 24275 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3090 0 44 401 3535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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