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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xja | ||||||
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タイトル | Apo form of the Y31V mutant dimerization domain fragment of Escherichia coli regulatory protein AraC | ||||||
![]() | Arabinose operon regulatory protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Transcription factor / Coiled-coil / Jelly roll / Allostery / Arabinose / Carbohydrate binding / AraC | ||||||
機能・相同性 | ![]() arabinose catabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weldon, J.E. / Larkin, C. / Schleif, R.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and properties of a truely apo form of AraC dimerization domain. 著者: Weldon, J.E. / Rodgers, M.E. / Larkin, C. / Schleif, R.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 492.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2arcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer through the coiled-coil interface (chain combinations A/B and C/D of the asymmetric unit, and chain E across symmetry) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20614.340 Da / 分子数: 5 / 変異: Y31V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, Ammonium acetate, HEPES, Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月1日 / 詳細: Osmic Mirrors |
放射 | モノクロメーター: MCS Max-Flux confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 45573 / Num. obs: 43641 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 2ARC 解像度: 2.4→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 490347.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9419 Å2 / ksol: 0.336868 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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