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万見
- PDB-1xj9: Crystal structure of a partly self-complementary peptide nucleic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xj9
タイトルCrystal structure of a partly self-complementary peptide nucleic acid (PNA) oligomer showing a duplex-triplex network
要素peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID / PNA / partly self-complementary / duplex-triplex complex / right-handed / left-handed
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / crystal 1: single wavelength protocol. crystal 2: MAD protocol with data collected on 5-bromo-uracil derivative crystal at 0.9177, 0.9185, 0.9110, 0.9218 A. the condition for crystal 2 was as follows. collection data: 05-NOV-2000, temperature(kelvin): 110, PH: 4.80, the details of the source of radiation: synchrotron, EMBL/DESY, HAMBURG beamline BW7A / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Petersson, B. / Nielsen, B.B. / Rasmussen, H. / Larsen, I.K. / Gajhede, M. / Nielsen, P.E. / Kastrup, J.S.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Partly Self-Complementary Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomer Showing a Duplex-Triplex Network
著者: Petersson, B. / Nielsen, B.B. / Rasmussen, H. / Larsen, I.K. / Gajhede, M. / Nielsen, P.E. / Kastrup, J.S.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a peptide nucleic acid (PNA) duplex at 1.7 A resolution
著者: Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Nielsen, J.N. / Nielsen, J.M. / Nielsen, P.E.
履歴
登録2004年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)
B: peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6082
ポリマ－5,6082
非ポリマー00
水59433
1
A: peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)

A: peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6082
ポリマ－5,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
2
B: peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)

B: peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6082
ポリマ－5,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.600, 41.900, 30.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. A right-handed duplex (from chain A) is generated with the symmetry operation: -x+2, y, -z+1. / A left-handed duplex (from chain B) is generated with the symmetry operation: -x+1, y, -z

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要素

#1: DNA鎖 peptide nucleic acid, (H-P(*GPN*TPN*APN*GPN*APN*TPN*CPN*APN*CPN*TPN)-LYS-NH2) / PNA


分子量: 2803.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7755.59
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法crystal 1: magnesium chloride, PEG 8000, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法crystal 2: isopropanol, calcium chloride, acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2PEG 800011
3glycerol11
4H2O11
5PEG 800012
6H2O12
7isopropanol21
8calcium chloride21
9acetate21
10H2O21
11isopropanol22
12calcium chloride22
13acetate22
14H2O22

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 1839 / Num. obs: 1839 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 172 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: crystal 1: single wavelength protocol. crystal 2: MAD protocol with data collected on 5-bromo-uracil derivative crystal at 0.9177, 0.9185, 0.9110, 0.9218 A. the condition for ...構造決定の手法: crystal 1: single wavelength protocol. crystal 2: MAD protocol with data collected on 5-bromo-uracil derivative crystal at 0.9177, 0.9185, 0.9110, 0.9218 A. the condition for crystal 2 was as follows. collection data: 05-NOV-2000, temperature(kelvin): 110, PH: 4.80, the details of the source of radiation: synchrotron, EMBL/DESY, HAMBURG beamline BW7A
解像度: 2.6→27 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Own parameter and topology files created
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 141 -random
Rwork0.255 ---
all-1839 --
obs-1517 78.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数312 0 0 33 345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.092
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 22 -
Rwork0.344 --
obs--70.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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