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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xj9 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a partly self-complementary peptide nucleic acid (PNA) oligomer showing a duplex-triplex network | |||||||||||||||||||||
![]() | peptide nucleic acid, (H-P(*![]() PEPTIDE NUCLEIC ACID / PNA / partly self-complementary / duplex-triplex complex / right-handed / left-handed | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Petersson, B. / Nielsen, B.B. / Rasmussen, H. / Larsen, I.K. / Gajhede, M. / Nielsen, P.E. / Kastrup, J.S. | ![]() ![]() タイトル: Crystal Structure of a Partly Self-Complementary Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomer Showing a Duplex-Triplex Network 著者: Petersson, B. / Nielsen, B.B. / Rasmussen, H. / Larsen, I.K. / Gajhede, M. / Nielsen, P.E. / Kastrup, J.S. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of a peptide nucleic acid (PNA) duplex at 1.7 A resolution 著者: Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Nielsen, J.N. / Nielsen, J.M. / Nielsen, P.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. A right-handed duplex (from chain A) is generated with the symmetry operation: -x+2, y, -z+1. / A left-handed duplex (from chain B) is generated with the symmetry operation: -x+1, y, -z |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2803.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 1839 / Num. obs: 1839 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 172 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: crystal 1: single wavelength protocol. crystal 2: MAD protocol with data collected on 5-bromo-uracil derivative crystal at 0.9177, 0.9185, 0.9110, 0.9218 A. the condition for ...構造決定の手法: crystal 1: single wavelength protocol. crystal 2: MAD protocol with data collected on 5-bromo-uracil derivative crystal at 0.9177, 0.9185, 0.9110, 0.9218 A. the condition for crystal 2 was as follows. collection data: 05-NOV-2000, temperature(kelvin): 110, PH: 4.80, the details of the source of radiation: synchrotron, EMBL/DESY, HAMBURG beamline BW7A 解像度: 2.6→27 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Own parameter and topology files created
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.092
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