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万見
- PDB-1xhj: Solution Structure Of The Staphylococcus Epidermidis Protein SE06... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhj
タイトルSolution Structure Of The Staphylococcus Epidermidis Protein SE0630. Northest Structural Genomics Consortium Target SeR8.
要素Nitrogen Fixation Protein NifU
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Alpha-beta / NifU-like / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / NESG / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
NIF system FeS cluster assembly, NifU, C-terminal / NifU-like domain / Fe-S cluster assembly (FSCA) / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrogen fixation protein NifU / Nitrogen fixation protein NifU
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Baran, M.C. / Huang, Y.P. / Acton, T. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure Of The Staphylococcus Epidermidis Protein SE0630. Northest Strucutral Genomics Consortium Target SeR8.
著者: Baran, M.C. / Huang, Y.P. / Acton, T. / Xiao, R. / Montelione, G.T.
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen Fixation Protein NifU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8151
ポリマ－9,8151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nitrogen Fixation Protein NifU


分子量: 9815.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE0936 / プラスミド: SER8-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21MGK / 参照: UniProt: Q8CPV7, UniProt: A0A0H2VHU6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111C13-HSQC
122NH-HSQC
132HNCO
142HNCAB
152N15-NOESY
162C13-NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple resonance nmr spectroscopy. Automatic backbone assignments were made using AutoAssign. Automatic NOESY assignments were made using AutoStructure. ...Text: The structure was determined using triple resonance nmr spectroscopy. Automatic backbone assignments were made using AutoAssign. Automatic NOESY assignments were made using AutoStructure. Dihedral angle restraints were made using HYPER and Talos. The SPINS database software was used as an integrating agent.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.5, 5% C13, 100% N15, 5% D2O, 95% H205% D2O, 95% H20
20.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.5, 100% C13, 100% N15, 5% D2O, 95% H205% D2O, 95% H20
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002
Bruker8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR2.9.7Brunger構造決定
NMRPipe2.1Delaglio解析
AutoAssign1.14Zimmerman, Moseley, Montelioneデータ解析
AutoStructure2Huang, Montelioneデータ解析
SPINS5Baran, Montelioneデータ解析
HYPER3.2Tejero, Montelioneデータ解析
Sparky3.106Goddardデータ解析
VNMR6.1variancollection
xwin-nmrBrukercollection
X-PLOR2.9.7Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 1311 conformationally restricting non-derived distance restraints. The structure contains 14.9 restraints per residue, with 3.5 long range restraints per ...詳細: The structure is based on a total of 1311 conformationally restricting non-derived distance restraints. The structure contains 14.9 restraints per residue, with 3.5 long range restraints per residue. Structure determination was performed iteratively using AutoStructure.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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