PDB-1xhc: NADH oxidase /nitrite reductase from Pyrococcus furiosus Pfu-1140...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xhc

タイトル

NADH oxidase /nitrite reductase from Pyrococcus furiosus Pfu-1140779-001

要素

NADH oxidase /nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADH oxidase / nitrite reductase / Pyrococcus furiosus / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / hyperthermophile / protein structure initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

rubredoxin-NAD(P)+ reductase / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Horanyi, P. / Tempel, W. / Weinberg, M.V. / Liu, Z.-J. / Shah, A. / Chen, L. / Lee, D. / Sugar, F.J. / Brereton, P.S. / Izumi, M. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: NADH oxidase /nitrite reductase from Pyrococcus furiosus Pfu-1140779-001
著者: Horanyi, P. / Tempel, W. / Weinberg, M.V. / Liu, Z.-J. / Shah, A. / Chen, L. / Lee, D. / SUGAR, F.J. / BRERETON, P.S. / IZUMI, M. / POOLE II, F.L. / SHAH, C. / Jenney Jr., F.E. / Arendall ...

履歴

登録	2004年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xhc.cif.gz	83.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xhc.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/1xhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/1xhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f3pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pdx-d 1xz8-d 2v3a-d 5w2l-d 6mp5-2 4iw7-d 2wo2-d 1j1p-d 6zj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-1140779-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NADH oxidase /nitrite reductase

ヘテロ分子

41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.335, 73.737, 95.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADH oxidase /nitrite reductase 分子量: 40907.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1K9
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.61	52.79
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
315	1	modified microbatch	3.8	14%w/v PEG-4000, 0.15M sodium chloride, 0.15M magnesium chloride, 0.1M sodium acetate, modified microbatch, temperature 315K, pH 3.8
315	2	modified microbatch	3.8	18%w/v PEG-4000, 0.15M sodium chloride, 0.15M magnesium chloride, 0.1M sodium acetate, modified microbatch, temperature 315K, pH 3.8

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	17-ID	1	1
シンクロトロン	APS	17-ID	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 210	1	CCD
ADSC QUANTUM 210	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 22114 / % possible obs: 92.2 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.203

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.32	0.474	3045	0.939	1,2	64.5
2.32-2.55	0.425	4520	0.988	1,2	96
2.55-2.92	0.275	4738	1.165	1,2	100
2.92-3.67	0.126	4819	1.271	1,2	100
3.67-20	0.076	4992	1.323	1,2	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0003	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F3P

1f3p

解像度: 2.35→58.722 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.24 / WR_factor R_work: 0.2 / SU B: 14.704 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.313 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2412	915	5.025 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.202	-	-	-
obs	0.20202	18210	99.378 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.689 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.965 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.654 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→58.722 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2637	0	53	31	2721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.984	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.793	3	5903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.553	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.402	24.196	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.946	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.027	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.308	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.205	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.77	1.5	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.062	2	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.511	2	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.558	3	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.589	3	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.457	4.5	991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.921	4.5	3562

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.341	57	0.247	1148	1265	95.257
2.411-2.477	0.293	62	0.237	1208	1281	99.141
2.477-2.549	0.289	70	0.231	1201	1274	99.765
2.549-2.627	0.303	71	0.239	1166	1237	100
2.627-2.713	0.31	47	0.235	1144	1191	100
2.713-2.808	0.274	56	0.229	1099	1155	100
2.808-2.914	0.256	58	0.226	1047	1105	100
2.914-3.032	0.274	67	0.213	1007	1074	100
3.032-3.167	0.283	50	0.198	1008	1058	100
3.167-3.321	0.26	54	0.197	937	991	100
3.321-3.5	0.238	55	0.209	891	946	100
3.5-3.712	0.181	35	0.182	872	907	100
3.712-3.967	0.212	51	0.176	801	852	100
3.967-4.283	0.212	43	0.166	748	791	100
4.283-4.689	0.203	38	0.149	694	732	100
4.689-5.238	0.16	28	0.163	643	671	100
5.238-6.041	0.268	23	0.233	588	611	100
6.041-7.379	0.181	23	0.222	492	515	100
7.379-10.354	0.292	18	0.185	397	415	100
10.354-58.722	0.222	9	0.266	204	253	84.19

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2774	0.5559	0.523	3.9616	2.793	6.5059	0.1785	0.002	-0.0833	0.4854	0.1853	-0.329	0.4444	0.2958	-0.3638	-0.1111	0.0592	-0.0635	-0.071	0.0257	-0.1037	41.6192	45.6685	32.8653
2	0.3567	0.0995	-0.2076	1.4189	1.3867	3.2914	0.0107	0.037	-0.0341	0.0339	0.011	-0.0347	-0.0066	0.0067	-0.0217	-0.1502	0.023	-0.0133	-0.0821	0.0378	-0.0772	34.5903	52.9788	23.3202
3	13.0051	-15.6305	-10.4986	19.5184	14.5979	20.656	-0.3659	0.274	0.5842	0.4587	0.5341	0.3956	-1.5362	0.4522	-0.1682	0.2086	-0.0918	0.1245	0.0551	0.0323	0.1196	51.4345	70.9997	8.8889
4	9.7396	-2.9614	-3.4356	24.4718	11.6029	13.6975	0.0473	-0.748	-0.2483	0.4873	0.1912	-1.899	-0.2983	1.0862	-0.2385	-0.0002	-0.1106	0.0534	0.1052	0.1202	0.1562	54.8298	63.8044	15.2687
5	8.1985	-3.1015	-15.5369	1.5401	4.7761	32.7516	-0.0442	1.0276	-0.0052	-0.0282	0.3954	0.0888	0.8764	-0.6014	-0.3512	-0.1708	0.0243	-0.0216	-0.1313	-0.0108	-0.1582	36.3265	50.5148	27.2597

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	1 - 56	9 - 64
2	2	A	57 - 315	65 - 323
3	3	A	316 - 330	324 - 338
4	4	A	336 - 351	344 - 359
5	5	B	360	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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