PDB-1xgv: Isocitrate Dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xgv

タイトル

Isocitrate Dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix

要素

Isocitrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Native enzyme / disulphide-bond

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Karlstrom, M. / Stokke, R. / Steen, I.H. / Birkeland, N.-K. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix: X-ray structure analysis of a ternary enzyme-substrate complex and thermal stability
著者: Karlstrom, M. / Stokke, R. / Steen, I.H. / Birkeland, N.-K. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2004年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xgv.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xgv.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xgv_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xgv_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	1xgv_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	1xgv_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tyoC 1xkdC 3icdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tyo-d 1v94-d 2e5m-d 2dht-d 4ajs-1 4r5w-d 4ylf-2 1idd-1 6ghk-d 5kdo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase

B: Isocitrate dehydrogenase

96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.569, 107.569, 171.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	ARG	ARG	2	A	A	132 - 257	132 - 257
2	1	TYR	TYR	ARG	ARG	2	B	B	132 - 257	132 - 257
3	2	ILE	ILE	LEU	LEU	2	A	A	279 - 320	279 - 320
4	2	ILE	ILE	LEU	LEU	2	B	B	279 - 320	279 - 320
5	3	VAL	VAL	GLY	GLY	5	A	A	321 - 432	321 - 432
6	3	VAL	VAL	GLY	GLY	5	B	B	321 - 432	321 - 432
7	4	PRO	PRO	LEU	LEU	5	A	A	7 - 131	7 - 131
8	4	PRO	PRO	LEU	LEU	5	B	B	7 - 131	7 - 131

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase 分子量: 47982.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: BAA79665 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q9YE81, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 6K, Magnesium chloride, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9089 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9089 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→39.84 Å / Num. all: 51805 / Num. obs: 51735 / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.97
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ICD

3icd

解像度: 2.2→39.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 5.778 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25059	2606	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22479	-	-	-
obs	0.22609	48984	99.87 %	-
all	-	51590	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6595	0	0	162	6757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	6667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.961	9053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.575	5	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.415	1.5	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.761	2	6760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.553	3	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.427	4.5	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
672	tight positional	0.06	0.05
1619	medium positional	0.43	0.5
743	loose positional	0.67	5
672	tight thermal	0.13	0.5
1619	medium thermal	0.66	2
743	loose thermal	1.6	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.283	176
R_work	0.252	3552

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2876	0.5902	-0.2358	4.0872	-0.3046	1.9282	0.0397	-0.2773	-0.2574	0.3405	-0.0549	-0.0041	0.0973	-0.0037	0.0152	0.0676	-0.0021	-0.0248	0.2131	-0.0066	0.0094	151.3561	92.7182	-138.4159
2	2.9706	1.9512	-0.7407	2.7796	-0.4941	1.9684	-0.0184	-0.0042	0.2452	-0.0756	-0.0513	0.4689	-0.2204	-0.213	0.0697	0.0496	0.0397	-0.0343	0.1393	-0.0361	0.1561	128.6249	93.0646	-156.6432
3	1.6135	0.7965	-0.6034	3.5278	0.4539	2.799	-0.0081	0.0661	0.0963	-0.3193	0.0542	0.0273	-0.3623	0.0624	-0.046	0.11	-0.0155	-0.0133	0.1506	-0.0438	0.0358	153.3916	104.8305	-152.5179
4	5.481	3.1691	1.4723	9.2166	-2.3533	4.066	-0.4942	1.1007	0.0297	-1.6014	1.0172	1.9385	0.4834	-0.2139	-0.523	0.6287	-0.2458	-0.429	0.7512	0.1114	0.7595	116.2862	82.4666	-191.7603
5	2.7007	1.1075	-1.3387	1.4906	-0.1673	1.7624	-0.3831	0.3261	-0.4778	-0.3591	0.0848	-0.1442	0.0961	-0.0676	0.2983	0.16	-0.046	0.03	0.2109	-0.085	0.1856	137.1881	80.5118	-171.3408
6	4.1283	2.8457	-1.3836	11.7412	-3.9994	4.8201	-0.4281	1.2136	0.6583	-0.9196	0.6664	0.7734	-0.4981	-0.2173	-0.2384	0.5894	-0.154	-0.2761	0.742	0.2511	0.3956	127.6162	97.582	-190.4098
7	0.7154	0.3721	0.1478	1.2229	0.3233	0.6145	-0.0267	-0.0284	-0.0131	0.0377	0.0415	0.0181	-0.0403	0.0841	-0.0148	0.151	-0.0023	0.0077	0.2011	-0.0254	0.1134	147.7912	95.8119	-149.6071
8	2.0765	1.107	-0.4661	0.5023	-0.334	0.396	-0.1962	0.1293	-0.1251	-0.1944	0.0881	0.0033	0.0005	0.019	0.1081	0.278	-0.042	0.0639	0.2997	-0.0148	0.2428	132.7547	81.8688	-167.0641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	322 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	7 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	132 - 321
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	322 - 432
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	436 - 557
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	436 - 472

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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