[日本語] English
万見
- PDB-1xgf: Backbone Structure of COCOSIN, an 11S storage protein from cocos ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xgf
タイトルBackbone Structure of COCOSIN, an 11S storage protein from cocos nucifera
要素cocosin
キーワードGlobulin / STORAGE PROTEIN / COCONUT ENDOSPERM / HEXAMER
生物種Cocos nucifera (ココヤシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Balasundaresan, D. / Ponnuswamy, M.N.
引用
ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF COCOSIN FROM COCOS NUCIFERA, A BACKBONE MODEL
著者: Balasundaresan, D. / Ponnuswamy, M.N.
#1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2002
タイトル: Purification and crystallization of coconut globulin cocosin from cocos nucifera
著者: Balasundaresan, D. / Sugadev, R. / Ponnuswamy, M.N.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of soybean 11S globulin: Glycinin A3B4 homohexamer
著者: ADACHI, M. / KANAMORI, J. / MASUDA, T. / YAGASAKI, K. / KITAMURA, K. / MIKAMI, B. / UTSUMI, S.
履歴
登録2004年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年9月21日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月23日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 400COMPOUND THESE ARE SEED STORAGE PROTEINS THAT EXIST AS HEXAMERIC ASSEMBLIES. EACH SUBUNIT IS ...COMPOUND THESE ARE SEED STORAGE PROTEINS THAT EXIST AS HEXAMERIC ASSEMBLIES. EACH SUBUNIT IS COMPOSED OF AN ACIDIC AND A BASIC CHAIN DERIVED FROM A SINGLE PRECURSOR THAT IS LINKED BY A DISULFIDE BOND. MEMBER OF THE 11S FAMILY OF GLOBULINS
Remark 999SEQUENCE SINCE NO SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE,THE RESIDUES HAVE BEEN CHANGED TO UNK AND ONLY ...SEQUENCE SINCE NO SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE,THE RESIDUES HAVE BEEN CHANGED TO UNK AND ONLY THE BACKBONE COORDINATES ARE GIVEN. THERE ARE FOUR DISORDERED REGIONS IN EACH CHAIN, NAMELY THE RESIDUES FROM 1 TO 6,93 TO 107, 179 TO 199 AND 252 TO 320.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cocosin
B: cocosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0562
ポリマ－65,0562
非ポリマー00
水00
1
A: cocosin
B: cocosin

A: cocosin
B: cocosin

A: cocosin
B: cocosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,1686
ポリマ－195,1686
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.659, 93.659, 216.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the molecule in the asymmetric unit by the operation: -Y,X-Y,Z, Y-X,-X,Z, X+2/3,Y+1/3,Z+1/3, -Y+2/3,X-Y+1/3,Z+1/3, Y-X+2/3,-X+1/3,Z+1/3, X+1/3,Y+2/3,Z+2/3, -Y+1/3,X-Y+2/3,Z+2/3, Y-X+1/3,-X+2/3,Z+2/3

-
要素

#1: タンパク質 cocosin


分子量: 32527.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cocos nucifera (ココヤシ) / 組織: endosperm

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20% MPD, Na/K Phosphate buffer containing 7% NaCl, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月10日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 21429 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / Num. unique all: 21429 / % possible all: 93.78

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
AUTOMARデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1OD5

1od5


解像度: 2.61→2.8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The coordinates contain backbone atoms only and are labelled as UNK since the sequence alignement is not established.There are several abnormal C-N bonds.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2944 1099 10%
Rwork0.2401 --
all0.2401 21429 -
obs0.2401 20330 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3056 0 0 0 3056

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る