PDB-1xge: Dihydroorotase from Escherichia coli: Loop Movement and Cooperati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xge

タイトル

Dihydroorotase from Escherichia coli: Loop Movement and Cooperativity between subunits

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 精密化 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lee, M. / Chan, C.W. / Guss, J.M. / Christopherson, R.I. / Maher, M.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Dihydroorotase from Escherichia coli: Loop Movement and Cooperativity between Subunits
著者: Lee, M. / Chan, C.W. / Guss, J.M. / Christopherson, R.I. / Maher, M.J.

履歴

登録	2004年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xge.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xge.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xge_validation.pdf.gz	444.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xge_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	1xge_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	1xge_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1j79S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2eg7-d 2eg6-d 6cty-2 2z25-d 2z29-d 1j79-d 2z28-d 2z27-d 6cty-1 4f13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (9) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.582, 78.826, 180.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 38771.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrC / プラスミド: pBS + / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DOR / (4S)-2,6-DIOXOHEXAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / DIHYDROOROTIC ACID / ジヒドロオロト酸分子量: 158.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-NCD / N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE / N-カルバモイル-L-アスパラギン酸分子量: 176.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈N₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, MES, potassium chloride, magnesium chloride, L-dihydroorotate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月21日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 54214 / Num. obs: 54214 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4883 / % possible all: 83.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB ENTRY 1J79

1j79

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.381 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21067	2762	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16798	-	-	-
all	0.17099	54182	-	-
obs	0.17018	51420	92.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.546 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5384	0	27	775	6186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.957	7605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.778	3	11841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.029	5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.131	23.148	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.831	15	915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.567	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	5599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	596
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.18	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.529	1.5	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.114	1.5	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.759	2	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.272	3	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.889	4.5	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	167	-
R_work	0.223	3425	-
obs	-	3425	85.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6314	0.1321	0.957	1.7076	0.2205	2.3694	-0.0473	0.0696	-0.0444	0.1133	0.1005	-0.0049	-0.0963	0.202	-0.0531	-0.2249	0.0084	-0.0239	-0.2221	-0.0359	-0.1676	30.4536	39.5522	80.2608
2	1.6166	0.5116	0.5577	1.8987	1.1903	2.1594	0.0353	0.1152	0.0141	-0.0337	0.051	0.0182	0.2571	-0.1669	-0.0863	-0.1149	-0.0296	-0.0716	-0.1637	-0.0169	-0.145	9.0339	14.2786	54.1714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 346	4 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C - D	400 - 401	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	1410	1
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 346	4 - 346
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	E - F	400 - 401	1
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	H	2410	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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